使用 ImageJ 测量强度答案

【问题标题】：Measuring Intensity Using ImageJ使用 ImageJ 测量强度
【发布时间】：2012-12-17 01:52:30
【问题描述】：

我们必须使用 imagej 测量图像某些区域的荧光强度。我们提出了以下步骤来测量强度。虽然看起来确实正确，但我的问题是——>我们实际上是使用以下步骤正确测量强度，还是我们错误地测量了其他东西并认为该值就是强度？

将图像设为 8 位
对图像设置阈值（图像 > 调整 > 阈值）以勾勒出所有区域，然后单击应用
打开分析 > 分析粒子。确保单击“添加到管理器”
分析 > 分析粒子 > 显示 > 裸轮廓。这将打开一个新图像。
打开彩色显微镜图像。然后，图像 > 叠加 > 来自 ROI 管理器。
图像 > 叠加 > 到 ROI 管理器。
在 ROI Manager 中：按“测量”。（将弹出一个包含单个数据点的结果窗口）
在结果窗口中单击鼠标右键，然后单击汇总。
记录平均强度数据

我们是否使用上述步骤正确测量了平均强度数据？

【问题讨论】：

在您之前的问题 (stackoverflow.com/questions/13925995/…) 中，您询问了关于转换为 8 位的问题。此转换会更改像素值，使其与原始像素值不同。如果强度是图像的原始平均像素值，那么您可能会从这一步得到一个错误
@medPhys-pl，这是一个不同的图像集，在这个集中（谢天谢地！）所有图像都是 8 位颜色，我们必须“黑白”图像。为此，我们将它们从 8 位颜色更改为 8 位。那么这是否仍然意味着存在错误，因为转换更改保持一致而不更改像素值？
我不清楚您要测量的是什么以及是否定义明确。要将颜色转换为灰度，您必须将红色、绿色和蓝色分量相加并将它们相加以获得灰度值，因此“gray = xred + yblue + z*green”。问题是 x、y 和 z 定义不明确，因此最终测量值定义不明确。阅读维基百科文章en.wikipedia.org/wiki/Grayscale
@medPhys-pl：将注意力集中在最接近荧光染料光谱峰值的原始图像的 RGB 通道上会有什么实际好处吗？
@trashgod：作为物理学家和计算机科学家，我想说这对我来说仍然没有多大意义。这个问题与软件问题一样科学。也许我们应该关闭或移动？

标签： threshold imagej roi 8-bit

【解决方案1】：

在 imageJ 中测量强度时需要注意以下几点：

ImageJ 自动将图像转换为 8 位
如果可用，您应该始终使用 RAW
如果您的显微镜无法将文件保存为 RAW 格式，您必须使用 .tif，其他格式会产生伪像
如果您使用 .tif 格式，则单独保存通道而不是 RGB 堆栈

在阈值之前，您必须拆分通道，特别是如果您正在寻找某个波长的荧光。

您还需要在阈值之后使用“分水岭”功能，以便它可以勾勒出单个单元格，从而避免勾勒出一组球状单元格。通过这种方式，您可以测量他们的个人强度。然而，它并不完美，因此一旦 ROI 弹出并且细胞已经被粒子分析勾勒出来，您必须通过并确保它正在测量单个细胞。应删除包含多个单元格的任何大纲。还要寻找形状奇特的细胞或微核，它们也应该被删除。

现在我假设您正在测量人类癌细胞。您应该使用以下设置：

完成所有这些之后，您就可以应用叠加层了。无论您要覆盖什么图像，您还必须拆分其通道并使用包含您正在测量的波长的通道（即：Alexaflour 488 将位于 GFP 通道中）。

如果您一直在收集数据而没有这样做，我会丢弃所有数据，因为收集数据的过程没有控制任何事情。

同样where to go to ask this stuff。

【讨论】：