从 R 的热图函数中获取集群？答案

【问题标题】：getting clusters from R's heatmap function?从 R 的热图函数中获取集群？
【发布时间】：2014-04-23 08:04:59
【问题描述】：

我正在使用 R 的 heatmap 函数进行层次聚类 (http://www.inside-r.org/r-doc/stats/heatmap)。是否有一个函数可以获取heatmap 返回的对象并通过将阈值alpha 应用于树状图来返回您获得的聚类？像这样的函数：

h <- heatmap(...)
clusters <- get_clusters(h, alpha=0.5)

其中clusters 是一个长度与输入数据帧的列数相同的数组，并为每个条目返回一个介于 0 和 n-1 之间的数字，其中 n 是列数（将列分配给集群）。这在 R 中是否存在？

【问题讨论】：

如果您没有将默认距离或聚类函数调用更改为heatmap()，那么您只需调用hclust(dist(x))，其中x 是您提供给heatmap() 的第一个参数功能。
我想您可能会发现cutree 功能非常有用。请参阅其documentation page 底部的示例。

【解决方案1】：

您正在寻找 heatmap 函数的 keep.dendro 参数。然后将树状图存储在输出的Rowv 和Colv 元素中。

x = matrix(rnorm(25), ncol=5)
h = heatmap(x, keep.dendro=TRUE)

接下来，使用as.hclust 函数将dendrogram 对象转换为hclust 对象。然后，如 cmets 中所述，您可以使用 cutree 获取集群。

row.clusters = as.hclust(h$Rowv)
cutree(row.clusters, k=3)  # break into k=3 clusters

当然，您可以通过这样做来获得row.clusters

row.clusters = hclust(dist(x))

【讨论】：