如何获取R中热图的每个集群中的基因列表答案

【问题标题】：how to get the list of genes in each cluster of a heatmap in R如何获取R中热图的每个集群中的基因列表
【发布时间】：2020-09-03 05:26:01
【问题描述】：

我已使用以下代码为我的大型数据集制作此热图。现在我想获取第二个集群的行名称（基因名称）（左侧为红色，右侧为绿色）。首先，我尝试按照this page 上的说明来分离集群，但由于 y 轴上的树状图的复杂性，这些解决方案对我来说并不实用。然后我尝试在制作热图之前制作集群，希望得到相同的结果。 this page 上的代码没有生成相同的热图。

是否有任何可能的方法可以获得热图所需区域的基因列表？

library(RColorBrewer)
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))(n = 100)

heatmap.2(as.matrix(sd_pol),
          col=my_palette, 
          density.info="none",
          trace="none",
          symm=F,symkey=F,symbreaks=F, scale="none",
          labRow=NA,
          main="test_heatmap",
          margins = c(8, 8))

【问题讨论】：

标签： r heatmap gplots

【解决方案1】：

如docs 中所述，heatmap.2 使用函数hclust 进行聚类，因此您想要实现的一种方法是创建聚类对象，然后应用cutree，如here 所述.

但是，您必须调整参数 h 或 k 以获得所需的结果：

require(graphics)
hc <- hclust(dist(USArrests))
cutree(hc,k = 2)

输出：

  Alabama         Alaska        Arizona       Arkansas     California       Colorado    Connecticut 
         1              1              1              2              1              2              2 
  Delaware        Florida        Georgia         Hawaii          Idaho       Illinois        Indiana 
         1              1              2              2              2              1              2 
      Iowa         Kansas       Kentucky      Louisiana          Maine       Maryland  Massachusetts 
         2              2              2              1              2              1              2 
...

【讨论】：