如何从 R 中的函数 aheatmap 获取子集群答案

【问题标题】：How to get subclusters from the function aheatmap in R如何从 R 中的函数 aheatmap 获取子集群
【发布时间】：2016-12-25 23:00:30
【问题描述】：

我正在使用aheatmap in the NMF package 构建阵列和 RNA-seq 数据的热图。

我正在尝试以与this user was trying to use cutree to extract from hclust objects 相同的方式提取数据子集群

我似乎找不到 hclust 类型或由 cutree 解释的 aheatmap 对象的属性。任何建议将不胜感激。

我也在这里和 BioStar 上发布了这个，因为它不完全是 R 问题，也不完全是生物信息学问题。

我尝试过的一些事情：

library(NMF)
#create some data
d <- matrix(rnorm(120),12,10)
# cluster it
heatmp.obj = aheatmap(d) 
# define some clusters
mycl <- cutree(heatmp.obj$Rowv, k=2) #this produces an error
mycl <- cutree(heatmp.obj$Colv, k=2) #this produces an error

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

aheatmap 返回一个列表，其中两个元素是“树状图”类型。 'dendrogram' 可以使用as.hclust() 强制输入'hclust'。例如，

a = cutree(as.hclust(heatmp.obj$Rowv), k=3)

【讨论】：

【解决方案2】：

根据您提供的第二个链接中的示例：

d <- matrix(rnorm(120),12,10)
hr <- hclust(dist(d, method="euclidean"), method="complete")
mycl <- cutree(hr, k=2)
heatmp.obj <- aheatmap(d,Rowv=as.dendrogram(hr))

这会让你更接近你想要的答案吗？

编辑带有aheatmap 的图片：

hclust 的图片：

【讨论】：

谢谢@desc！我宁愿以一种依赖 aheatmap 的默认聚类算法的方式来完成它，而不是使用 hclust 指定然后在 aheatmap 中使用它。那有意义吗？换句话说，运行heatmp.obj = aheatmap(d,Rowv=as.dendrogram(hr)) 不会产生与heatmp.obj = aheatmap(d) 相同的显示项
有as.hclust()吗？
@Atticus29，我根据aheatmap 默认值更新了 hclust，生成的集群看起来是一样的，尽管进化枝可能会围绕分支旋转。
再次感谢@desc！有没有办法强制执行相同的分支顺序？问是因为我有大量参数传递给 aheatmap 而我无法传递给 hclust，所以 hclust 唯一有用的方法是它可以准确地模仿 aheatmap 生成的树状图的聚类和顺序。
@Atticus29，我相信如果你想要和以前一样的显示，你可以使用heatmp.obj = aheatmap(d)。 hr <- hclust(dist(d, method="euclidean"), method="complete") 的结果应该是相同的（使用相同的聚类/距离函数），但现在可以让您剪切 hr 而不是尝试剪切热图对象。