R：M3C 库 - 重复的 row.names 错误消息

Question

我正在尝试使用 R 中的 M3C 库运行共识聚类。我的数据集包含 451 个样本和约 2500 个基因。行名称是基因的 ENTREZ ID（数值）。我已经使用“any(duplicated(colnames(MyData)))”命令交叉检查了数据集，以确保行名中没有重复的条目。我运行以下命令来使用 M3C 库执行共识集群：

res <- M3C(MyData, cores=8, seed = 123, des = annotation, removeplots = TRUE, analysistype = 'chi', doanalysis = TRUE, variable = 'class')

我收到以下错误：

Warning message:
"non-unique values when setting 'row.names': "

Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value): duplicate 'row.names' are not allowed
Traceback:

1. M3C(MyData, cores = 8, seed = 123, des = meta, removeplots = TRUE, 
 .     analysistype = "chi", doanalysis = TRUE, variable = "class")
2. M3Creal(as.matrix(mydata), maxK = maxK, reps = repsreal, pItem = 0.8, 
 .     pFeature = 1, clusterAlg = clusteralg, distance = distance, 
 .     title = "/home/christopher/Desktop/", printres = printres, 
 .     showheatmaps = showheatmaps, printheatmaps = printheatmaps, 
 .     des = des, x1 = pacx1, x2 = pacx2, seed = seed, removeplots = removeplots, 
 .     silent = silent, doanalysis = doanalysis, analysistype = analysistype, 
 .     variable = variable, fsize = fsize, method = method)
3. `row.names<-`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
4. `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
5. `.rowNamesDF<-`(x, value = value)
6. stop("duplicate 'row.names' are not allowed")

谁能帮我解决这个问题？

谢谢

Answer 1

我使用 M3C 运行了以下等效项：

df_wide_matrix  # my expression matrix
any(duplicated(colnames(df_wide_matrix)))  # result = FALSE

M3C::M3C(df_wide_matrix, iters=2, repsref=2, repsreal=2, clusteralg="hc", objective="PAC")

我在使用 M3C 时遇到了完全相同的错误消息，此外：

In addition: Warning message:
non-unique values when setting 'row.names': ‘ABCDEF’, ‘ABCDGH’ 

我认为问题是由于每个功能的前四个字符相等。因此，我在运行 M3C 之前暂时更改了它们各自的名称：

dup_ids <- which(colnames(dissADJ) %in% c("ABCDEF", "ABCDGH"))
colnames(dissADJ)[dup_ids] <- c("A", "B")

M3C::M3C(df_wide_matrix, iters=2, repsref=2, repsreal=2, clusteralg="hc", objective="PAC")

M3C 然后正确运行。不是一个理想的解决方案，但对我有用 - 我已将其作为问题发布：https://github.com/crj32/M3C/issues/6。