R错误：“不允许重复的'row.names'”答案

【问题标题】：R error: "duplicate 'row.names' are not allowed"R错误：“不允许重复的'row.names'”
【发布时间】：2020-12-10 18:39:48
【问题描述】：

当我想将第一列设置为行名时出现错误：

dt <- fread('../data/data_logTMP.csv', header = T)
rownames(dt) <- dt$GENE

我使用duplicated() 来检查值：

> which(duplicated(dt$GENE) == TRUE)
[1] 20209 21919

因此，我比较了这些值：

> dt$GENE[20209] == dt$GENE[21919]
[1] FALSE
> dt$GENE[20209]
[1] "1-Mar"
> dt$GENE[21919]
[1] "2-Mar"

为什么这两个值被识别为重复？我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

您使用了 fread，因此您的 dt 是一个 data.table。 data.tables 不使用行名；您尝试分配行名的目标是什么？
关于您的问题，这不是重复的工作方式。 duplicated 的输出告诉您重复元素的索引，但 该元素的第一个实例 位于向量中的其他位置。看看重复的(c(1, 1, 2, 3))
没有创建一个可以有行名的数据框？我使用了 is.data.frame(dt) 并得到了 True。我尝试了示例 duplicated(c(1, 1, 2, 3))，我知道第一个数字不能被识别为重复。我发现了真正的重复值。非常感谢！
is.data.frame 将是TRUE，因为data.table 是data.frame 的扩展（您可以查看class(dt)）。行名是扩展有点混乱的地方； data.table 更喜欢使用 keys 而不是行名；见this vignette
谢谢你这么详细的解释！

标签： r

【解决方案1】：

当您使用 fread 读取文件时，对象 dt 的默认类将是 data.table。按照设计，data.table 将不支持 row.names。因此，您需要向 fread 传递一个附加参数，如下所示，以确保您正在读取的对象的类不是 data.table。

data.table::fread(input = "file name",sep = ",",header = T,data.table = FALSE)

【讨论】：