【问题标题】:Installing Bioconductor packages error --> Error in readRDS(dest) : error reading from connection安装 Bioconductor 包错误 --> readRDS(dest) 中的错误:从连接读取错误
【发布时间】:2021-07-30 22:50:13
【问题描述】:

我一直在尝试在 R(版本 4.0.5)中安装 Bioconductor。每次我尝试插入以下代码时,都会收到一些错误,例如:

>if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")

'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'?repositories' for details

replacement repositories:
    CRAN: http://cran.csiro.au/

Bioconductor version 3.12 (BiocManager 1.30.13), R 4.0.5 (2021-03-31)
Installing package(s) 'BiocVersion'
Error in readRDS(dest) : error reading from connection

之前别人here和here给出的解决方案我已经试过了。我也以管理员身份再次重新启动它。但没有任何效果。

我可以使用“install.package()”命令轻松安装 cran 包。我还可以使用 tar.gz 文件安装软件包;但是,当我尝试安装 Bioconductor 软件包时,就会出现这个问题。此外,使用 tar.gz 文件安装包也不方便,因为 Bioconductor 中有很多依赖包。直到昨天一切都很好,然后突然我的R崩溃了,我无法打开R。所以我决定重新安装它。之后,就会出现这个问题。任何形式的帮助将不胜感激。

【问题讨论】:

    标签: r package bioconductor


    【解决方案1】:

    我在 BioConductor 包中遇到了同样的问题。我找到了一个可行的解决方案here。

    install.packages("devtools")    
    devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")
    

    【讨论】:

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