在 readRDS(file) 中安装 R 包错误：从连接读取错误答案

【问题标题】：Installing R Packages Error in readRDS(file) : error reading from connection在 readRDS(file) 中安装 R 包错误：从连接读取错误
【发布时间】：2015-11-03 07:25:39
【问题描述】：

每当我尝试在 Ubuntu 14.04 上的 R 中安装任何软件包时，都会收到以下错误：

Error in readRDS(file) : error reading from connection

我已经尝试了here给出的方法，但无法解决问题。

【问题讨论】：

@Pascal 错误不同，OP 指出链接中提供的解决方案没有解决问题。
@Pascal 我的评论更多是为了引起你的注意，以防你继续前进。
你试过不同的镜像吗？这是在 RStudio 中还是在基础 R 中？
您是否在代理后面，例如在公司办公室或大学？
您应该：A) 发布导致错误的代码，B) 发布 sessionInfo() 的输出，c) 回答上述所有未解决的问题。

标签： r package ubuntu-14.04

【解决方案1】：

1- 从CRAN 安装最新版本的 R 并尝试安装软件包。

2- 如果可能，请使用另一个用户帐户进行检查。

3- 尝试安装R包locally。

4- 如果有旧版本的 R 创建的 RDS 文件，您可能会遇到另一种问题，这是来自 R 帮助的警告：

警告

这些函数从 R 2.4.0 开始提供了一个稳定的接口（当序列化对象的存储从字符更改为原始向量）。但是，序列化格式将来可能会改变 R的版本，所以这个接口不应该长期使用 R 对象的存储。

在 32 位平台上，原始向量限制为 2^31 - 1 个字节，但 R 对象可以超过这个，它们的序列化通常是比物体大。

参考：帮助（序列化）

【讨论】：

请让我们知道上述 cmets 是否有效。

【解决方案2】：

从 3.3.1（全 64 位）安装 R 3.4.0 后，我在 Windows 10 上遇到此错误。通过从 CRAN 手动安装一个不相关的包解决了这个问题（我使用了 ggplot2）。不知道根本原因是什么，但也许这也对你有用。

我的代码输出：

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : error reading from connection
 Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘BiocInstaller’

然后我重新启动 R，并运行相同的代码：

> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in readRDS(dest) : error reading from connection

即相同的代码，不同的错误。奇怪的。然后我再次重新启动 R 并安装了一个随机包，然后重新运行我的代码并且它工作了。

> install.packages("ggplot2")
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found'
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.zip'
Content type 'application/zip' length 2782171 bytes (2.7 MB)
downloaded 2.7 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages
> library(pacman)
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr)
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/effsize_0.7.1.zip'
Content type 'application/zip' length 36713 bytes (35 KB)
downloaded 35 KB

package ‘effsize’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages

effsize installed

因此，错误似乎与 pacman 尝试安装 effsize 有关。

【讨论】：

It was resolved by manually installing an unrelated package from CRAN (I used ggplot2) 也为我工作。奇怪...还是谢谢。

【解决方案3】：

我在运行 install.packages("mice") 时遇到错误

我尝试了 user1436187 建议的所有方法。
之后我尝试运行 update.packages()。收到同样的错误。我还收到一条错误消息，由于权限原因，它无法运行某些命令。
我关闭了当前的 R 会话并以管理员身份重新启动它。
Ran 命令早先给出错误install.packages("mice")

这对我有用。

【讨论】：

【解决方案4】：

确保您以正确的格式保存 rds 文件：

saveRDS(model, "path/file.rds")

然后使用

读取.rds文件

model <- readRDS("path/file.rds")

【讨论】：

【解决方案5】：

当我安装最新版本的 R 时，我遇到了同样的错误。很多时候，最新版本不稳定（对我来说，它是 2017 年 8 月 11 日的 3.4.2）。我卸载了它并安装了3.4.1（早期稳定版本），现在没有问题了。

【讨论】：

【解决方案6】：

我遇到了同样的问题：

readRDS(file) : error reading from connection.I did follow:

我在文件夹Downloads 中找到file.rds，然后复制文件并放入另一个文件夹。然后我选择了目录：

R Session->Set working Directory->Choose directory->my new folder

执行此操作后，它起作用了

还有一件有趣的事情。当我复制函数download.file（“http://..../file.rds”，“file.rds”）下载的文件并将文件放在文件夹目录中时，问题仍然存在。但是，当我复制链接http://....../file.rds 并将其粘贴到地址栏中时，该文件已下载到我的计算机上的“下载”文件夹中，我从中复制了该文件并移至目录-文件夹。所以我没有通过R download.file的功能下载文件，从Downloads复制文件并将其放在文件夹目录中。在这种情况下，它可以工作

【讨论】：

【解决方案7】：

我也遇到了同样的问题。我按照这里给出的说明 http://www.ryantmoore.org/files/ht/htrtargz.pdf 并在需要时分别安装所有必需的依赖项。

【讨论】：

【解决方案8】：

如果您有一个或多个错误安装的软件包（例如，因为您在安装过程中必须强制重启），您需要重新安装这个/这些软件包。您可以使用以下代码找到它们：

library(purrr)

.libPaths() %>%
set_names() %>%
map(function(lib) {
    .packages(all.available = TRUE, lib.loc = lib) %>%
    keep(function(pkg) {
        f <- system.file('Meta', 'package.rds', package = pkg, lib.loc = lib)
        tryCatch({readRDS(f); FALSE}, error = function(e) TRUE)
    })
})

这将返回一个包含损坏包的嵌套列表：

$`/home/yourname/R`
[1] "brokenpkg"

$`/usr/lib64/R/library`
character(0)

$`/usr/share/R/library`
character(0)

您可能需要删除 R 在尝试安装软件包时在库位置创建的目录 00LOCK-<pkgname>。

【讨论】：

删除我所有的包然后重新安装对我有用

【解决方案9】：

我遇到了同样的错误，我重新启动了 R 会话，它对我有用。

【讨论】：

【解决方案10】：

当我加载“tidyverse”时遇到与 readRDS 相关的相同错误。我一直在使用 R 中的 VS Code。也许有什么问题。

对我有用的解决方案。 更新所有软件包，这是一个很大的列表。我不得不在错误输出之后再次单独重新安装一些。

readRDS(file) 中的错误：从连接中读取错误 #went away 并加载了 tidiverse。

【讨论】：