CRAN/Bioconductor 包安装失败：错误：行开始 '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' 格式错误答案

【问题标题】：CRAN/ Bioconductor package installs fail: Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformedCRAN/Bioconductor 包安装失败：错误：行开始 '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' 格式错误
【发布时间】：2015-11-14 20:58:21
【问题描述】：

我刚刚进行了全新的 Ubuntu 14.04 安装，并按照 this link 和 this other one 的说明安装了 R，像往常一样选择伯克利镜像。

在 emacs (+ess) 上，我根本无法安装任何 CRAN 或 Bioconductor 软件包，例如：

install.packages("ggplot2")

或者：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

我经常收到以下错误：

Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed!

在this other thread 之后，我只是等着看问题是否自行解决，但 2 天后我一直收到同样的错误。有什么建议吗？？

【问题讨论】：

当尝试从重定向的 URL 下载时，这是任何包的普遍问题。

标签： r redirect installation package cran

【解决方案1】：

请显示什么

Rscript -e 'print(options("repos"))'

包含。对于它的价值，我以这种方式设置了 CRAN 以及另外两个 drat 并且从来没有问题：

## Example of Rprofile.site snippet
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
    r["eddelbuettel"] <- "http://eddelbuettel.github.io/drat"
    r["ghrr"] <- "http://ghrr.github.io/drat"
    options(repos = r)
})

您可以通过这种方式设置 CRAN、BioC 和任何其他数量的存储库。

【讨论】：

【解决方案2】：

好吧，我已经解决了问题，结果提示选择 CRAN 镜像时，我正在选择

USA (CA1) [https]

代替

(HTTP mirrors)

这是我从未见过的功能......

选择 HTTP 镜像会将我带到我期待的镜像列表中，现在选择

USA (CA1)

使安装过程完美运行。谢谢！

【讨论】：

这应该仍然有效。如果您按照我在上面回答中的建议进行操作，您将不再需要选择镜像，因为您已经在 Rprofile.site 文件中这样做了。
此外，您应该read up on https and why you should use it。您可能需要设置download.file.method。
对我来说，指定method="wget" 有效；但method="libcurl"（默认）不支持，即使 curl 应该支持 https。
请参阅capabilities()[["libcurl"]]，这可能是错误的，表示构建 R 时发现的 curl 库不足。该问题是您的机器或发行版或版本的本地问题 - 以负责二进制文件的为准。

【解决方案3】：

由于这在 Google 中出现的频率很高，我想分享一下您的 R 版本可能是问题所在。

【讨论】：