gplots 库中 Heatmap.2 函数的格式问题 - 边距和轴

Question

我使用 gplots 包中的 heatmap2 在 R 中创建了一个热图，我在尝试格式化图像以用于报告时遇到了极大的麻烦。

图像表示小波系数的小相关矩阵的特征值，我希望用红色等强烈的颜色表示最大的特征值，使用柔和的黄色或类似的颜色表示最小的特征值。调色板不是问题，而是颜色的表示。目前黄色代表最大的特征值，所以我希望尽可能颠倒顺序。

也可以旋转类似于下面第一张图片的图例，我已经检查了此类信息的帮助，但我能找到的只是行和列标签旋转？

由于我的数据代表一周每小时采集的数据，我如何更改 x 轴值以显示以下 12/24 小时向量：12,24,36,48,60,72,84,96,108,120,132,144,156,168。我尝试使用 cexCol 设置它，但我收到关于 cex.axis 长度错误的错误，我不认为这是 heatmap2 中的参数。

par(mfrow=c(1,1))
heatmap.2(eigenvalsCombined,
          trace = "none",
          dendrogram = "none",
          Rowv = NULL,
          Colv = NULL,
          density.info = "none",
          margin = c(5,7),
          main = expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
                                  lambda[1], 
                                  " Across 7 Wavelet Scales")),
          xlab = "Time Index (hours)",
          key = TRUE,
          lmat = rbind(c(2,3),c(4,1)),
          key.title = NA,
          key.xlab = "Eigenvalue Magnitude")

从我下面的图片中可以看出，主标题也被切掉了，我尝试过使用外边距和内边距，但这也没有任何影响。当我在绘图仪中使用缩放功能并放大显示文本的图像时，这是否意味着我的格式正确？

对于那些对数据感兴趣的人，我已将 dput(eigenvalsCombined) 的副本发布到 google drive 以供下载。

Answer 1

对于这样的任务，我喜欢调用image 或使用fields 包。对我来说，在这样的任务上使用 gplots 和 heatmap2 没有任何价值。

library(fields)

sq <- c("", seq(12,168, 12))

par(mar=c(3.1,5.1,4.1,7.1), xpd=TRUE)
image(t(eigenCombined), col = rev(heat.colors(100)), 
            xaxt="n", yaxt="n", bty="n", xlim=c(-0.15,1),
      main=expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
                                                    lambda[1], " Across 7 Wavelet Scales")))
axis(4, at = seq(0,1, length.out = 7), 
     labels = rownames(eigenCombined), lty = 0, las=2)

axis(1, at = seq(0,1, length.out = length(sq)), 
     labels = sq, lty = 0, las=2)

image.plot(t(eigenCombined), legend.only = TRUE,
           col = rev(heat.colors(100)), 
           smallplot = c(0.05,0.1, 0.1,0.85))

Answer 2

您可以在下面找到一些问题的解决方案。

# (1) Define column names of data matrix following your 12/24hr vector
clnames <- rep("",ncol(eigenvalsCombined))
sq <- seq(12,168,12)
clnames[sq] <- sq
colnames(eigenvalsCombined) <- clnames

# (2) Reverse your color map
rev.heat.colors <- function(n) rev(heat.colors(n)) 

library(gplots)
#par(mfrow=c(1,1))

heatmap.2(eigenvalsCombined,
          trace = "none",
          dendrogram = "none",
          Rowv = NULL,
          Colv = NULL,
          density.info = "none",
          margin = c(5,7),
          main = "",
          xlab = "Time Index (hours)",
          lmat = rbind(c(5,2,3),c(6,1,4)),
          lwid = c(0.2, 4, 1.1),
          lhei = c(0.5, 4),
          key = TRUE,
          key.xlab = "Eigenvalue Magnitude",
          col = "rev.heat.colors",
          cexCol=1.2)

# Add title to the plot
title(main=expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
           lambda[1],  " Across 7 Wavelet Scales")))

这是代码生成的图：

编辑
我修改了heatmap.2 函数，现在可以根据您的需要旋转颜色图。
首先，从link 下载文件myheatmap2.r 并将其保存在您的工作目录中。
然后，运行以下代码：

clnames <- rep("",ncol(eigenvalsCombined))
sq <- seq(12,168,12)
clnames[sq] <- sq
colnames(eigenvalsCombined) <- clnames   
rev.heat.colors <- function(n) rev(heat.colors(n))

library(gplots)
source("myheatmap2.r")
myheatmap.2(eigenvalsCombined,
          trace = "none",
          dendrogram = "none",
          Rowv = NULL,
          Colv = NULL,
          density.info = "none",
          margin = c(5,7),
          main = "",
          xlab = "Time Index (hours)",
          lmat = rbind(c(2,3,6),c(4,1,5)),
          lwid = c(0.8, 4, 0.5),
          lhei = c(0.5, 4),
          key = TRUE,
          key.title="",
          key.xlab = "Eigenvalue\n Magnitude",
          col = "rev.heat.colors",
          cexCol=1.2)

title(main=expression(paste("Heatmap of Largest Eigenvalues ",
           lambda[1],  " Across 7 Wavelet Scales")))

这是最后的情节：