我正在处理TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 数据。我发现最大外显子的长度是 205012。如何继续找到该外显子的基因组坐标？
【问题讨论】：
max 找到了最大范围，您可能需要考虑使用函数which.max 来知道哪个是最大值。
标签： r bioinformatics genomicranges iranges
您可以在 Granges 上使用 which.max()，如下所示：
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
ex = exons(txdb)
ex$len = width(ex)
ex[which.max(ex$len)]
GRanges object with 1 range and 2 metadata columns:
seqnames ranges strand | exon_id len
<Rle> <IRanges> <Rle> | <integer> <integer>
[1] chr12 102591363-102796374 + | 164764 205012
-------
seqinfo: 93 sequences (1 circular) from hg19 genome
【讨论】：