使用 matplotlib 无偏移的 3d 散点图

Question

我正在尝试使用 matplotlib 和 python 构建一个 3d 散点图。 问题如下所示： 3d 图上点的偏移量使得无法理解这些点的确切位置。

这是构建的图表：

在此图中，请注意这些点与顶点并不完全重合。也就是说，根据图表，它显示在 0B 和 1B 和 4S 之间存在一个点，该点不包含在数据集中（参见下面的代码 MWE）。是否需要做一些事情来设置偏移量？

#!/usr/bin/env python
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.font_manager import FontProperties
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import string
from matplotlib  import cm
import matplotlib

def plot_state_transition():
    xTickMarks = ["-1B","0B", "1B", "2B", "3B"]#, "4B"]#, "1B3S", "2B2S"]
    yTickMarks = ["-1S","0S", "1S", "2S", "3S", "4S"]
    zTickMarks = ["0", "0.6", "0.65", "0.9", "1.15"]
    matplotlib.rc('font', serif='Helvetica Neue')
    matplotlib.rc('text', usetex='false')
    matplotlib.rcParams.update({'font.size': 10})

    fig = plt.figure(figsize=(11.69,4.88)) # for landscape
    axes1 = fig.add_subplot(111, projection='3d')
    savename = "state-transition.png"

    tup = []
    plt.grid(True,linestyle='-',color='0.75')
    X_AXIS = ['2B', '2B', '1B', '2B', '2B', '2B', '1B', '2B']
    Y_AXIS = ['0S', '2S', '3S', '2S', '2S', '2S', '3S', '2S']
    Z_AXIS = ['0.6', '0.6', '0.6', '0.6', '0.6', '0.9', '0.9', '0.9']
    s  = [12.900648500000001, 12.705360163934426, 13.021028032786887, 13.258014354838707, 14.418979838709676, 17.092295806451613, 15.625246451612906, 17.484319354838711]

    x = [xTickMarks.index(i) for i in X_AXIS]
    y = [yTickMarks.index(i) for i in Y_AXIS]
    z = [zTickMarks.index(i) for i in Z_AXIS]
    s = s

    axes1.scatter(x, y, z, c='r', marker='o')

    axes1.set_xlim((0, len(xTickMarks)-1))
    axes1.set_ylim((0, len(yTickMarks)-1))
    axes1.set_zlim((0, len(zTickMarks)-1))

    axes1.set_xticks(xrange(len(xTickMarks)))
    axes1.set_yticks(xrange(len(yTickMarks)))
    axes1.set_zticks(xrange(len(zTickMarks)))

    axes1.set_xticklabels(xTickMarks)
    axes1.set_yticklabels(yTickMarks)
    axes1.set_zticklabels(zTickMarks)

    axes1.set_ylabel('Small cores')
    axes1.set_zlabel('Frequency')
    axes1.set_xlabel('Big cores')

    axes1.xaxis.grid(True)
    figsize=(11.69,8.27) # for landscape
    fig.savefig(savepath + savename, bbox_inches='tight', dpi=300, pad_inches=0.1)
    plt.clf()


def main():
    plot_state_transition()

if __name__ == "__main__":
    main()

Answer 1

我不认为情节有什么问题，只是它试图在二维上呈现 3 维信息。透视的尝试（这使它看起来像 3D）是导致偏移的原因。您可以消除任何偏移，最简单的方法是跳过 3D 效果，或者通过在绘图上设置“摄像机角度”来减少或消除偏移。您使用axes1.view_init(elev=x, azim=y) 设置摄像机角度。例如，使用您的数据，elev=10, azim=90 看起来像这样：

elev=-5, azim=0 看起来像这样：

您可以使用视图来查看是否有帮助。尽管这些改变了偏移量，但这些并不能完全消除问题，因为它是这些图的 3D 特性所固有的。