读取 NII 图像的时间序列变慢答案

【问题标题】：Reading time series of NII images getting slower读取 NII 图像的时间序列变慢
【发布时间】：2014-09-20 07:46:09
【问题描述】：

我正在开发一个程序来读取 NIfTY 格式图像的时间序列到 MATLAB 中的 4D 矩阵。堆栈中大约有 60 个图像，程序运行没有问题，直到第 28 个图像。（所有图片的大小大致相同，细节相同）但之后阅读速度越来越慢。

事实上，延迟正在累积。我再次检查了程序，没有打开文件。一切看起来都很好。

谁能给我一个建议？

【问题讨论】：

您究竟是如何构建 4D 矩阵的？有没有可能你没有预先分配内存？你能告诉我们你的代码（它的相关部分）吗？

标签： matlab time-series nifty-gui

【解决方案1】：

当前数组的大小（双精度）

除非您在 RAM 内存超过 ~20GB 的机器上运行，否则您的矩阵将变得太大而无法处理。

检查矩阵前三个维度的大小：

A = rand(512,512,160);
whos('A')

输出：

Name        Size                     Bytes      Class     Attributes

A           512x512x160              335544320  double

现在乘以 60 得到 4D 矩阵的大小，然后除以 1024^3 得到 GB：

335544320*60/1024^3 = 18.7500 GB

所以是的，您的矩阵很可能太大而无法有效/有效地处理。

超出 RAM 内存的矩阵会强制 MatLab 使用交换文件 (HDD/SSD)，它比随机存取内存慢几个数量级（即使您有 SSD）。

切换到不同的数据类型

如果您不需要双精度，即 16 位精度，您可以随时切换到更少位数，即单精度浮点数。通过这样做，您可以减小尺寸。您甚至可以进一步减小大小，例如数字是 0-255 范围内的无符号整数。见以下代码：

% Create doubles
A_double = rand(512,512,160);
S1=whos('A_double');


% Create floats
A_float = single(A_double);
S2=whos('A_float');


% Create unsigned int range 0-255
A_uint=uint8(randi(256,[512,512,160])-1);
S3=whos('A_uint');

fprintf('Size A_double is %4.2f GB\n',(S1.bytes*60)/1024^3)
fprintf('Size A_float is %4.2f GB\n',(S2.bytes*60)/1024^3)
fprintf('Size A_uint is %4.2f GB\n',(S3.bytes*60)/1024^3)

输出：

Size A_double is 18.75 GB
Size A_float is 9.38 GB
Size A_uint is 2.34 GB

这可能正好适合您的 RAM。确保您确实首先预先分配内存，即使用 zeros() 函数创建一个空矩阵。

【讨论】：