如何将 3D nii gz 图像阵列重塑为 2D？

【问题标题】：How can I reshape a 3D nii gz image array to a 2D?如何将 3D nii gz 图像阵列重塑为 2D？
【发布时间】：2022-01-10 01:29:15
【问题描述】：

我有很多 nii.gz 图像需要从 3D 重塑为 2D，我正在尝试使用以下代码，但由于 nii.gz 扩展，它无法正常工作：

import nibabel as nib
img = nib.load('teste01converted.nii.gz')
img.shape
newimg = img.reshape(332,360*360)

谁能帮帮我？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

根据 NiBabel Getting Started 指南，您可以将 NiBabel 对象转换为 numpy 数组，然后您可以使用 reshape：

无需将任何主要图像数据加载到内存中即可获得此信息。当然也可以以 NumPy 数组的形式访问图像数据
>>> data = img.get_fdata()
>>> data.shape
(128, 96, 24, 2)
>>> type(data)
<... 'numpy.ndarray'>

所以你可以像这样调整你的代码：

import nibabel as nib
img = nib.load('teste01converted.nii.gz')
newimg = img.get_fdata().reshape(332,360*360)

当我这样做时，我得到一个具有这种形状的 numpy 数组：

(332, 129600)

顺便说一下，我对神经影像学一无所知，所以我不知道你要求的转换是否有意义。

【讨论】：