在 heatmap.2 R 中使用 2 种或更多 cellnote 颜色答案

【问题标题】：Using 2 or more cellnote colors in heatmap.2 R在 heatmap.2 R 中使用 2 种或更多 cellnote 颜色
【发布时间】：2021-04-08 19:52:25
【问题描述】：

我目前正在制作一个使用复杂离散色标（大约 34 种不同颜色）的热图。有些颜色是深色的，而另一些是浅色的。我用heatmap.2() 函数的cellnote 参数标记单元格。由于单元格的某些背景颜色非常暗，因此当使用黑色单元格注释颜色时，无法看到单元格标签。同样，当使用较浅的 cellnote 颜色时，无法看到具有浅背景颜色的单元格中的标签。想知道是否可以在使用“heatmap.2()”函数生成的单个热图中有不同的 cellnote 颜色。下面是一个小例子：

library(gplots)
x <- cbind(c(0.5, 1.5), c(1.5, 0.5))
pal <- c("darkblue", "lightblue")
heatmap.2(
    x,
    Rowv = FALSE,
    Colv = FALSE,
    dendrogram = "none",
    key = FALSE,
    trace = "none",
    col = pal,
    breaks = seq(0, 2),
    cellnote = x,
    notecol = "black",
    notecex = 2
)

所需的输出是在左上角和右下角的单元格中有白色的单元格注释，而在其他单元格中保留一个黑色的单元格注释。我预计这可能需要修改函数的source code。但是，我自己还没有想出解决方案。

【问题讨论】：

标签： r gplots

【解决方案1】：

嗯...显然您可以将矩阵传递给notecol 参数哈哈。我认为这最初是不可能的，因为在文档中它说“字符串”，但我之前没有尝试过是不好的。但是，出于某种原因，我似乎必须反转颜色字符矩阵的列才能实际获得所需的结果？这有点奇怪，但它有效：

notemat <- cbind(c("white", "black"), c("black", "white"))
heatmap.2(
    x,
    Rowv = FALSE,
    Colv = FALSE,
    dendrogram = "none",
    key = FALSE,
    trace = "none",
    col = pal,
    breaks = seq(0, 2),
    cellnote = x,
    notecol = apply(notemat, 2, rev),
    notecex = 2
)

【讨论】：