有多少行满足基于矩阵中列排列的条件

Question

我有一个矩阵，其中每一行是一个样本，每一列是一个物种（样本 X 物种矩阵）。我想知道有多少样本（行）具有相同的两个未指定的物种（正值）。例如：

> df <- matrix(c(1,0,10,1,8,1,0,1,0,0,1,0),nrow=4,ncol=3)
> colnames(df) <- letters[1:3]
> df
      a b c
[1,]  1 8 0
[2,]  0 1 0
[3,] 10 0 1
[4,]  1 1 0

在这里，我有 4 个样本，其中记录了物种 a、b 和 c 的丰度。棘手的部分（对我来说）是我不在乎这两个物种是什么。因此，我需要对列的每个 pairwise* 组合进行置换，并让 R 返回每个成对组合一起找到的频率（行数）（以及它们是什么）。第三种是否存在是无关紧要的。在这个例子中，答案是：

a 和 b 在 2 个样本中同时出现。

a 和 c 在 1 个样本中同时出现。

b 和 c 在 0 个样本中同时出现。

对于解决此问题的任何帮助或建议，我将不胜感激。非常感谢！

*我随意使用了2种作为例子。

Answer 1

你可以使用combn，像这样：

df <- matrix(c(1,0,10,1,8,1,0,1,0,0,1,0),nrow=4,ncol=3)
colnames(df) <- letters[1:3]
df

combn(colnames(df), 2, FUN = function(x) {
  sum(as.logical(df[, x[1]]) & as.logical(df[, x[2]]))
})
# [1] 2 1 0

---

姓名：

unlist(combn(colnames(df), 2, FUN = function(x) {
  setNames(sum(as.logical(df[, x[1]]) & as.logical(df[, x[2]])), 
           paste(x, collapse = "_"))
}, simplify = FALSE))
# a_b a_c b_c 
#   2   1   0