R 树状图故障中的热图函数答案

【问题标题】：Heatmap function in R dendrogram failureR 树状图故障中的热图函数
【发布时间】：2011-10-06 12:57:34
【问题描述】：

对于我的一生，我无法理解为什么这种方法会失败，我真的很感激这里有一双额外的眼睛：

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(x))/2))

我得到的错误是：行树状图排序给出了错误长度的索引

如果我不包括 distfun，那么一切都会运行良好并且对 hclust 函数有响应。任何建议都将不胜感激。

【问题讨论】：

如何通过提供一个小的示例数据集（可能是使用dput(head(test)) 的TEST 的前几行）来使这个示例可重现？
几行不行，你可能需要（例如）test0 <- TEST[1:10,1:10]; dput(test0) 等等

标签： r heatmap dendrogram

【解决方案1】：

对dist的标准调用计算提供的矩阵的行之间的距离，cor计算提供的矩阵的列之间的相关性，所以上面的例子可以工作，你需要转置矩阵：

heatmap.2(TEST,trace="none",density="none",scale="row", 
     ColSideColors=c("red","blue")[data.test.factors],
     col=redgreen,labRow="", 
     hclustfun=function(x) hclust(x,method="complete"),
     distfun=function(x) as.dist((1 - cor(  t(x)  ))/2))

应该可以。如果您使用方阵，您将获得有效的代码，但它不会计算您认为的内容。

【讨论】：

只需将 x 替换为 t(x) 即可！这个答案是这里唯一一个真正解决这个问题的答案。

【解决方案2】：

根据 Ben Bolker 的回复，如果 TEST 是 n×n 矩阵且 data.test.factors 是 n 个整数的向量，您的代码似乎可以工作。例如，以

开头

 n1 <- 5
 n2 <- 5
 n3 <- 5
 TEST <- matrix(runif(n1*n2), nrow=n1)
 data.test.factors <- sample(n3)

那么你的代码就可以工作了。但是，如果n1 和n2 不同，那么您将收到错误row dendrogram ordering gave index of wrong length，而如果它们相同但n3 不同或data.test.factors 具有非整数，那么您将收到错误'ColSideColors' must be a character vector of length ncol(x) .

【讨论】：

【解决方案3】：

这还不能重现...

 TEST <- matrix(runif(100),nrow=10)
  heatmap.2(TEST, trace="none", density="none", 
            scale="row",
            labRow="",
            hclust=function(x) hclust(x,method="complete"),
            distfun=function(x) as.dist((1-cor(x))/2))

为我工作。我不知道redgreen 或data.test.factors 是什么。

您是否尝试过debug(heatmap.2) 或options(error=recover)（或traceback()，虽然它本身不太可能有用）来尝试追踪错误的确切位置？

> sessionInfo()
R version 2.13.0 alpha (2011-03-18 r54865)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
...
other attached packages:
[1] gplots_2.8.0   caTools_1.12   bitops_1.0-4.1 gdata_2.8.2    gtools_2.6.2

【讨论】：

你的例子帮助我找出我的错误。这种方法需要一个方阵，我的初始矩阵不是方阵。如果我重新运行您在上面发布的代码示例，除了使用 TEST[,1:9]，那么我会重现我最初遇到的错误。非常感谢！