【发布时间】：2020-08-27 11:17:40
【问题描述】：
我正在使用 conda 设置的虚拟环境中工作。我想做的是打开一个新的 Jupyter 笔记本并使用这个虚拟环境在笔记本中工作。但是，我认为我的虚拟环境中缺少某种必要的包。
当我从终端（当前使用 OSX 10.13.6）启动 Jupyter 笔记本时，我可以在屏幕右上角的“新建”按钮中看到使用 Python (virtualEnvironment) 打开新笔记本的选项。
当我以 Python (virtualEnvironment) 形式打开一个新笔记本时，一切看起来都不错，因此我尝试在第一个单元格中运行以下命令：
import numpy as np
我在 Jupyter 中弹出以下错误消息：
Kernal restarting: The kernel appears to have died. It will restart automatically.
我知道 Jupyter 笔记本的某些方面可以正常工作，因为我可以在第一个单元格中运行以下命令，没问题：
from IPython.display import display, Math
display(Math('\\text{This is latex formatting:} \\quad x + 2y = 3j + 4'))
是否有人对可能导致内核死机的原因有任何想法？
以下是虚拟环境中的所有包：
# packages in environment at /opt/anaconda3/envs/virtualEnvironment:
#
# Name Version Build Channel
appnope 0.1.0 py37_0
attrs 19.3.0 py_0 conda-forge
backcall 0.1.0 py37_0
blas 1.0 mkl
bleach 3.1.5 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
brotlipy 0.7.0 py37h9bfed18_1000 conda-forge
ca-certificates 2020.4.5.1 hecc5488_0 conda-forge
certifi 2020.4.5.1 py37hc8dfbb8_0 conda-forge
cffi 1.14.0 py37h356ff06_0 conda-forge
chardet 3.0.4 py37hc8dfbb8_1006 conda-forge
cryptography 2.9.2 py37he655712_0 conda-forge
decorator 4.4.2 py_0
defusedxml 0.6.0 py_0 conda-forge
entrypoints 0.3 py37_0
idna 2.9 py_1 conda-forge
importlib-metadata 1.6.0 py37hc8dfbb8_0 conda-forge
importlib_metadata 1.6.0 0 conda-forge
intel-openmp 2019.4 233
ipykernel 5.1.4 py37h39e3cac_0
ipython 7.13.0 py37h5ca1d4c_0
ipython_genutils 0.2.0 py37_0
jedi 0.17.0 py37_0
jinja2 2.11.2 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
json5 0.9.0 py_0 conda-forge
jsonschema 3.2.0 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
jupyter_client 6.1.3 py_0
jupyter_core 4.6.3 py37_0
jupyterlab 2.1.2 py_0 conda-forge
jupyterlab_server 1.1.1 py_0 conda-forge
libcxx 4.0.1 hcfea43d_1
libcxxabi 4.0.1 hcfea43d_1
libedit 3.1.20181209 hb402a30_0
libffi 3.2.1 h6de7cb9_1006 conda-forge
libgfortran 3.0.1 h93005f0_2
libsodium 1.0.16 h3efe00b_0
markupsafe 1.1.1 py37h9bfed18_1 conda-forge
mistune 0.8.4 py37h9bfed18_1001 conda-forge
mkl 2019.4 233
mkl-service 2.3.0 py37hfbe908c_0
mkl_fft 1.0.15 py37h5e564d8_0
mkl_random 1.1.0 py37ha771720_0
nbconvert 5.6.1 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
nbformat 5.0.6 py_0 conda-forge
ncurses 6.2 h0a44026_1
notebook 6.0.3 py37_0 conda-forge
numpy 1.18.1 py37h7241aed_0
numpy-base 1.18.1 py37h6575580_1
openssl 1.1.1g h0b31af3_0 conda-forge
packaging 20.1 py_0 conda-forge
pandas 1.0.3 py37h6c726b0_0
pandoc 2.9.2.1 0 conda-forge
pandocfilters 1.4.2 py_1 conda-forge
parso 0.7.0 py_0
patsy 0.5.1 py37_0
pexpect 4.8.0 py37_0
pickleshare 0.7.5 py37_0
pip 20.0.2 py37_1
prometheus_client 0.7.1 py_0 conda-forge
prompt-toolkit 3.0.4 py_0
prompt_toolkit 3.0.4 0
ptyprocess 0.6.0 py37_0
pycparser 2.20 py_0 conda-forge
pygments 2.6.1 py_0
pyopenssl 19.1.0 py_1 conda-forge
pyparsing 2.4.7 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
pyrsistent 0.16.0 py37h9bfed18_0 conda-forge
pysocks 1.7.1 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
python 3.7.7 hc70fcce_0_cpython
python-dateutil 2.8.1 py_0
python_abi 3.7 1_cp37m conda-forge
pytz 2020.1 py_0
pyzmq 18.1.1 py37h0a44026_0
readline 8.0 h1de35cc_0
requests 2.23.0 pyh8c360ce_2 conda-forge
scipy 1.2.1 py37h1410ff5_0
send2trash 1.5.0 py_0 conda-forge
setuptools 46.1.3 py37_0
six 1.14.0 py37_0
sqlite 3.31.1 h5c1f38d_1
statsmodels 0.11.0 py37h1de35cc_0
terminado 0.8.3 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
testpath 0.4.4 py_0 conda-forge
tk 8.6.8 ha441bb4_0
tornado 6.0.4 py37h1de35cc_1
traitlets 4.3.3 py37_0
urllib3 1.25.9 py_0 conda-forge
wcwidth 0.1.9 py_0
webencodings 0.5.1 py_1 conda-forge
wheel 0.34.2 py37_0
xz 5.2.5 h1de35cc_0
zeromq 4.3.1 h0a44026_3
zipp 3.1.0 py_0 conda-forge
zlib 1.2.11 h1de35cc_3
我之前曾尝试使用以下问题的答案来解决此问题：Conda environments not showing up in Jupyter Notebook。我无法弄清楚我目前的情况是什么问题。
其他可能有价值的信息：如果我在正常环境中启动一个新的 Jupyter notebook，numpy 导入就好了。这是我第一次遇到内核死机问题。我以前从未像这样从头开始构建虚拟环境；我通过终端使用 conda 安装了 ipython、ipykernel 和 jupyter。我使用 pip 安装了 statsmodels。也许使用 pip 是我的错误？
这可能是 PATH 问题吗？我之前下载过anaconda的GUI版本。当我提示终端时
echo $PATH
这些路径被打印出来：
/Users/RZ/anaconda3/bin:
/opt/anaconda3/condabin:
/usr/local/bin:
/usr/bin:
/bin:
/usr/sbin:
/sbin:
/usr/texbin:
/opt/X11/bin:
/usr/local/git/bin
最近我执行了以下操作：
当我跑步时：
jupyter nbextension list
我得到这个作为输出：
Known nbextensions:
config dir: /Users/Rentazilla/anaconda3/etc/jupyter/nbconfig
tree section
nb_conda/tree disabled
这是问题吗？也许 nb_conda/tree 被错误地禁用了。根据 Jupyter notebook github (https://github.com/jupyter/notebook/issues/1716) 上的至少一个链接，应禁用 nbextension 列表和 serverextension。
20 年 5 月 14 日
好吧，经过数小时尝试一百万种不同的事情后，我想出了一个可行的解决方案，但我认为它不是很漂亮。
昨天不知道该怎么办，我决定卸载并重新安装 conda。我使用了https://docs.anaconda.com/anaconda/install/uninstall/中详述的完整方法 并卸载所有 anaconda3 文件夹并使用最新的 miniconda 安装程序重新安装 conda。
然后我做了一个新的conda环境：
conda create -n py3 ipykernel ipython jupyter_client jupyter_core traitlets ipython_genutils
接下来我在基础环境中安装了nb_conda_kernels。然后我继续在py3 环境中安装numpy、sympy、matplotlib、stats models 和jupyter_lab。
我注意到 jupyter 仍然将一些旧环境视为内核；我需要摆脱它们。现在我只保留基本环境和py3 环境
我注意到 jupyter 为其内核使用了错误的路径，所以我改变了它
这并没有解决问题。我在 base 和 py3 环境中将 python 降级为 3.7.7。那也没有解决问题。所以我尝试使用终端在 python 中运行一些基本命令。我发现运行import numpy 会导致python 崩溃并给出输出Illegal Instruction: 4。一些在线搜索将我带到了这个页面：
我也决定尝试降级 numpy：conda install -n py3 numpy=1.17
我决定通过包含以下脚本的终端使用 python 测试一个名为 test1.py 的文件：
num = int(input("Enter a number: "))
import numpy as np
print(num)
import sys
print(sys.version)
我根据上一个链接中的答案复制下来。这运行得很好。运行：
python -u -m trace -t test1.py
然而在终端里却给出了一个可笑的长信息流。
将 numpy 降级到 1.18.5 解决了这个问题，至少现在是这样。
【问题讨论】：
标签： python jupyter-notebook ipython jupyter conda