如何将对称矩阵转换为“dist”对象？答案

【问题标题】：How to convert a symmetric matrix into "dist" object?如何将对称矩阵转换为“dist”对象？
【发布时间】：2013-07-26 09:24:06
【问题描述】：

我想使用hclust 对数据进行聚类。但我不想使用“dist()”来生成 dist 对象。然后我发现我无法将对称矩阵作为距离矩阵传递给hclust。

如何将对称矩阵转换为“dist”对象？

【问题讨论】：

标签： r matrix distance

【解决方案1】：

听起来您已经计算了一个矩阵，并希望在 hclust 中使用它。就像@shadow 说的，你可以使用as.dist(yourMatrix) 转换成dist 格式。

给定一个对称的距离表：

> yourMatrix<-matrix(c(1,2,3,4,2,1,2,1,3,2,1,3,4,1,3,1), nrow=4)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    2    3    4
[2,]    2    1    2    1
[3,]    3    2    1    3
[4,]    4    1    3    1
>
>as.dist(yourMatrix)
  1 2 3
2 2    
3 3 2  
4 4 1 3

确保矩阵中的值是相异性或距离度量而不是相似性分数。

【讨论】：

【解决方案2】：

这是你需要的吗？ dist(matrix(1:16, nrow=4))

【讨论】：