将矩阵转换为 dist 对象时，第一行消失

Question

我需要将两个（仅下三角形 + 对角线值）.csv 距离矩阵转换为 dist objects 以执行 Mantel test。尽管 as.dist(matrixname) 似乎有效，但我的第一行消失了，因此距离 matrix 偏移了一行。仅供参考，我的列和行标签是三字母代码而不是数字 - 这可能是个问题吗？

我使用了以下命令：

fst <- read.csv("fst.csv",row.names=1) fst.dist <- as.dist(fst)

当我读入 .csv 文件时，一切看起来都很好。

Answer 1

您需要将diag=TRUE 添加到您的as.dist 通话中。

例如：

d <- read.table(text='0 1 2 
                      1 0 3
                      2 3 0')

as.dist(d)

#    V1 V2
# V2  1   
# V3  2  3

as.dist(d, diag=TRUE)

#    V1 V2 V3
# V1  0      
# V2  1  0   
# V3  2  3  0