R: apt-get install r-cran-foo vs. install.packages("foo")答案

【问题标题】：R: apt-get install r-cran-foo vs. install.packages("foo")R: apt-get install r-cran-foo vs. install.packages("foo")
【发布时间】：2011-01-11 07:40:27
【问题描述】：

在 Ubuntu 下安装 R 包（在本例中为 mcmcpack）时，我可以选择以下两种安装方法：

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

问题：

两种安装 R 包的方法是否被视为“最佳实践”？
假设我先是install.packages("mcmcpack")，然后是apt-get install r-cran-mcmcpack - 我应该会遇到麻烦吗？
假设我先是apt-get install r-cran-mcmcpack，然后是install.packages("mcmcpack") - 我应该会遇到麻烦吗？

【问题讨论】：

标签： r ubuntu debian cran

【解决方案1】：

这并不像看起来那么容易。

apt-get update 很好，如果和何时
- 存在包——但在 CRAN 上的 2100 多个包中，只有大约 150 个左右 r-cran-* 包，因此覆盖范围相当稀疏
- 软件包得到维护，无错误且最新
- 您对 Ubuntu 的双年度发布感到满意
install.packages() 和以后的update.packages() 是好的，如果和当
- 您知道安装内置依赖项（除了r-base-dev）需要什么
- 您不介意手动运行 update.packages() 以及 apt-get 更新。

在我工作的 Ubuntu 机器上，我采用第二种解决方案。但是因为第一个更好如果你有足够的覆盖率，我们已经构建了cran2deb，它为 amd64 和 i386 提供了 2050 多个二进制 deb 包 --- 但仅用于 Debian 测试。这就是我在家里使用的。

至于最后一个问题，你是否'应该期待麻烦'：不，因为R_LIBS_SITE在/etc/R/Renvironment中被设置为

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着你的包进入/usr/local/lib/R/site-library，而由apt管理的包进入/usr/lib/R/site-library和（在基本包的情况下）/usr/lib/R/library。

希望能澄清问题。 r-sig-debian 邮件列表是解决此类问题的更明智的地方。

【讨论】：

Dirk，我不想让这个问题成为一个独立的问题...为什么某些软件包（例如 RODBC）只能使用 apt-get install 方法安装？
在哪里？如何？什么时候？什么平台？随意给 r-sig-debian 发电子邮件，这就是我们的目的（尽管如此狂热）。
您是否“只是”错过了 odbc 开发包等？嗯，这就是我们开始提供这些的原因。 RODBC 实际上是我打包的第一个...
另请参阅cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html 以获取用于安装最新 R 和 R 包的存储库。

【解决方案2】：

我会考虑使用apt-get 最佳实践，因为您将通过标准系统工具获得自动更新。
安装 2 个版本可能会让您陷入混乱：根据您的 R 设置，您可以加载另一个包版本然后您期望 - 通常应该首先加载您的私有（可能已过时）版本。
见上文。

【讨论】：

或查看 Dirk 对整个故事的回答