没有适用于 \'DefaultAssay\' 的方法应用于类 \"list\" 的对象答案

【问题标题】：No applicable method for 'DefaultAssay' applied to an object of class "list"没有适用于 \'DefaultAssay\' 的方法应用于类 \"list\" 的对象
【发布时间】：2022-09-24 22:49:50
【问题描述】：

我正在使用“seurat”来处理我的导师交给我的一些数据。我先把B Cells的部分提取出来，定义为pbmc。然后我试图分析其中的线粒体。但是后来我得到了以下错误，我不知道如何解决它。

 pbmc[[\"percent.mt\"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = \"^mt-\")
   Error in UseMethod(generic = \"DefaultAssay\", object = object) : 
   no applicable method for \'DefaultAssay\' applied to an object of class \"list\"

这是我的操作中涉及的代码：

install.packages(\"Seurat\")
install.packages(\"dplyr\")
install.packages(\"patchwork\")
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(ggplot2)
setwd(\'E:/YL\')
rm(list=ls())
pbmc.data <- readRDS(\"E:/YL/BB.rds\")
pbmc <- pbmc.data[\'B Cells\']
pbmc[[\"percent.mt\"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = \"^mt-\")

这是我正在使用的数据的图片。

标签： r seurat

【解决方案1】：

帮助您解决这个问题可能为时已晚，但 PBMC 对象是列表类型，而列表中的第一个元素（B 单元）是函数正在寻找的实际 seurat 对象。您需要从列表对象中提取 B Cells 对象并使用它。

就像是： b_cells <- pbmc[1][[1]] b_cells[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(b_cells, pattern = "^mt-")

【讨论】：