用 R 中的链接面对面绘制系统发育树答案

【问题标题】：Plot phylogenetic trees face to face with links in R用 R 中的链接面对面绘制系统发育树
【发布时间】：2016-05-23 21:15:47
【问题描述】：

我想使用 ape 包在 R 中绘制两个彼此相对的系统发育。一棵树有 40 个节点，一棵树有 26 个节点：

library(ape)
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

cophyloplot 函数用指定的链接将这些面对面绘制出来。

我无法指定链接。

请注意，在我实际的 nexus 树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将这些更改为数字......）。

链接应该如下：

如果在tree1 nexus 文件中，序列的尖端标签是 1-40。在tree2 nexus 文件中，提示标签为 1-26。那么链接应该是：

a <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40)
b <- c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21) 
association <- cbind(a, b)

（即tree1中的序列1与tree2中的序列14链接）

所以，我用这样的东西来绘制树：

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association,length.line=4, space=28, gap=10, rotate=TRUE)

并计算距离矩阵：

dist.topo(tree1, tree2, method = "PH85")

我不太确定我在哪里出错了。任何帮助，将不胜感激！

【问题讨论】：

标签： r phylogeny

【解决方案1】：

要绘制树木，试试这个

library(ape)
set.seed(1)

# create trees
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

# modify tip labels
tree1$tip.label <- sub("t", "", tree1$tip.label, fixed = T)
tree2$tip.label <- sub("t", "", tree2$tip.label, fixed = T)

# create associations matrix 
a <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40))
b <- as.character(c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21)) 
association <- cbind(a, b)

# plot
cophyloplot(tree1, tree2, assoc = association, length.line = 4, space = 28, gap = 3)

【讨论】：

谢谢！！我收到以下错误：Error in decx[i] <- strwidth(x$tip.label[lsa[x$tip.label == assoc[i, 1]]]) : replacement has length zero 所以我尝试了tree1$tip.label<-(1:40) tree2$tip.label<-(1:26)
当我运行您的代码@lukeA 时，我得到了相同的树，但它不可读，需要扩展。我怎样才能把它扩展成你的样子？

【解决方案2】：

cophyloplot 函数不需要提示标签索引。人们可以用它们的名字来指代分类群。请注意，lukeA 的答案将关联中的数字存储为character。将它们转换为与提示标签对应的文本并绘制两棵树显示相同的结果。

association <- apply(association, 2, function(x) sub("^","t", x))

head(association)
#      a    b    
# [1,] "t1" "t14"
# [2,] "t2" "t1" 
# [3,] "t3" "t4" 
# [4,] "t4" "t1" 
# [5,] "t5" "t9" 

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association, length.line=4, space=28, gap=3)

关联在矩阵中列出的顺序无关紧要。最佳做法是使用 read.table() 从外部文件导入它们。

【讨论】：