主要区别是包括三方面：初始计量，对价差异的处理，以及商誉三方面。
1、初始计量的区别
同一控制下企业合并方应以合并日应享有被合并方账面所有者权益的份额作为初始投资成本。
非同一控制下企业合并应以购买方付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券的公允价值之和为初始投资成本。
2、对价差异的处理
同一控制下企业合并在确认了合并中取得的被合并方的资产和负债后，以发行权益性证券方式进行的该类合并所确认的净资产入账价值与发行股份面值总额的差额，应计入资本公积(资本溢价或股本溢价)。资本公积(资本溢价或股本溢价)余额不足冲减的，相应冲减盈余公积和未分配利润；
以支付现金、非现金资产方式进行的该类合并所确认的净资产入账价值与支付的现金、非现金资产账面价值的差额，相应调整资本公积(资本溢价或股本溢价)，资本公积(资本溢价或股本溢价)余额不足冲减的，应冲减盈余公积和未分配利润。
非同一控制下企业合并取得的资产、负债按公允价值计量;作为合并对价的非货币性资产在购买日公允价值与账面价值的差额计入当期损益。
3、商誉
同一控制下企业合并，不会产生商誉。
非同一控制下企业合并可能会产生商誉，合并成本大于可辨认净资产公允价值的差额确认为商誉，合并成本小于可辨认净资产公允价值的差额作为合并当期损益计入利润表。