从 Rscript 以交互方式运行 R答案

【问题标题】：Run R interactively from Rscript从 Rscript 以交互方式运行 R
【发布时间】：2015-10-10 03:17:54
【问题描述】：

我正在尝试从 Rscript 启动闪亮的应用程序或交互式 .Rmd 文档。但是，我得到的只是一条消息

正在收听http://127.0.0.1:...

我相信这是因为 R 在交互模式下运行（another post 关于这个）。我怎样才能编写正确的 Rscript 以便以下任一项工作？

我的脚本

#!/usr/bin/Rscript

## This
library(shiny)
runApp(appDir = "../app")

## Or this
## rmarkdown::run("Main.Rmd")

【问题讨论】：

标签： r shiny r-markdown rscript

【解决方案1】：

如果我正确理解您的问题，我可以使用 littler 来实现这一点，我用它代替 Rscript 来编写围绕 R 的脚本任务。我正在运行 CentOS 7，并基于代码在您的问题中，您看起来像是在类似 Unix 的机器上，所以 installing littler 应该不是问题。为了最小化可重复性，我使用了 RStudio 提供的默认闪亮应用程序和基于闪亮的 Rmarkdown 模板，将它们分别保存为testapp（项目/应用程序目录名称）和testRMD.rmd。然后，我有以下脚本：

testapp.r

#!/usr/bin/env r

shiny::runApp(
  "~/tmp/delete/testapp",
  port = 7088, 
  launch.browser = TRUE,
  host = "127.0.0.1")

testRMD.r

#!/usr/bin/env r

rmarkdown::run(
  file = "testRMD.rmd",
  dir = "~/tmp/delete",
  shiny_args = list(
    port = 7088,
    launch.browser = TRUE,
    host = "127.0.0.1"))

设置这些文件的权限，以便它们可以执行 -

[nathan@nrussell R]$ chmod +x testapp.r testRMD.r

（chmod +u ... 应该足够了，但无论如何......），你应该准备好从你的终端运行它们，等等......

[nathan@nrussell R]$ ./testapp.r
Loading required package: shiny

Listening on http://127.0.0.1:7088

[nathan@nrussell R]$ ./testRMD.r
Loading required package: shiny

Listening on http://127.0.0.1:7088

我省略了Rmd 文件的一些额外命令行输出，但我确信如果需要，可以轻松地抑制它。无论如何，这似乎工作正常 - 闪亮的应用程序和 Rmarkdown 应用程序都是交互式的，就像从 RStudio 启动时一样 - 但如果你有其他想法，请澄清。

【讨论】：

非常感谢！出于某种原因，我只是假设 launch.browser 总是正确的（facepalm）。我还没有尝试过小，但它看起来真的很好。不过，我现在也需要与 Windows 共享它。在尝试此操作时，我发现在渲染 rmarkdown 时，出于某种原因，我需要使用 default_file 而不是 file 指定文件名。
@nongkrong 太好了，HTH。我没有用 Rscript 对此进行测试，但它也应该适用于该接口；无论如何，我认为launch.browser 参数是这里的关键要点。

【解决方案2】：

感谢@nrussell，你的例子对我帮助很大！

这是我在 Windows 10 上启动交互式 Markdown 文档的解决方案。

REM Change to correct directory
cd "C:\Users\me\Documents\project_folder\"

REM Print files available (not required, but helpful)
dir

REM Point system to R's Pandoc with Rscript then launch
"C:\Program Files\R\R-4.0.3\bin\Rscript.exe" -e ^
"Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='C:/Users/me/Documents/RStudio/bin/pandoc'); rmarkdown::run(file = 'myInteractiveMarkdown.Rmd', shiny_args = list(launch.browser = TRUE, host = '127.0.0.1'))"

我发现我最初遇到了两个错误：

当我没有将系统环境指向 R 的 pandoc 时，它给出了错误消息 error pandoc version 1.12.3 or higher is required，我使用指令 here 解决了这个问题
当我在shiny_args中设置端口时，后续执行bat文件会得到端口已经忙的错误

【讨论】：