以非交互方式运行期望交互式输入的 R 包

Question

我在 R 编程方面有点新手，所以如果这听起来很明显或被误导，请原谅我。

我正在使用一个名为 bcrm 的 R 包（它为癌症临床试验的剂量升级做了一些聪明的事情），当我以交互方式运行它时，它会通过终端询问我的输入。

我希望能够以非交互方式运行它。有什么方法可以让我编写一个脚本，其中不仅包括调用 bcrm 包的命令，还包括它随后提出的问题的答案？

2018 年 12 月 21 日编辑：这是要求我进行交互式输入的代码。我很想在提供输入的最后一点（或者可能在 DOS 批处理脚本中）之后放一些代码，其中包括输入一系列数字。

library(bcrm)

dose.levels <- c(1, 2, 3, 4)
prior.tox <- c(0.05, 0.1, 0.2, 0.3)
cohort.size <- 3
target.tox <- 0.33
max.size <- 6
prior.mean <- c(-0.5, 0.01)
prior.vcm <- matrix(c(0.5, 0.3, 0.3, 2), ncol=2)
prior.dist <- list(4, prior.mean, prior.vcm) 

tox.seq <- c(0, 0, 0)
dose.seq <- c(1, 1, 1)

mydata <- data.frame(patient = 1:3, dose=dose.seq, tox=tox.seq)




crm<-bcrm(dose = dose.levels,               # Dose levels
          p.tox0 = prior.tox,               # Prior probabilities of DLT
          target.tox = target.tox,          # Target tox level
          cohort = cohort.size,             # Cohort size
          stop = list(nmax = max.size),     # Stopping criteria
          ff = "logit2",                    # Model
          prior.alpha = prior.dist,         # Prior distribution on model parameter
          sdose.calculate = "median",       # How to calculate dose labels
          pointest = "plugin",              # How we will estimate DLT risks
          data = mydata,                    # Data so far
          simulate = FALSE,                 # Simulate lots of trials?
          method="rjags",                   # Calculation method
          truep = prior.tox,                # True probabilities, assume same as prior
          plot = TRUE)                      # Plot trial data as we go

Answer 1

查看返回值的数据结构，您似乎可以提取与设置模拟 = 假相同的输出值，如果您设置模拟 = True 和 nsims = 1

例如 设置模拟 = false 给出：

crm$ndose[[1]][[1]] # returns [1] 2

设置模拟 = true 和 nsims = 1 给出：

crm[[1]]$ndose[[1]][[1]]

如前所述返回 2，所有其他值也相同。

Answer 2

也许有人证明我错了（我希望如此），但是：

在尝试找到一些解决方法后，我认为在不更改包源代码（或找到大黑客）的情况下无法自动注入答案。

背景

1. bcrm 包使用标准 R 的 readline 函数来接受交互式输入（参见源代码，例如函数 crm.interactive: https://github.com/cran/bcrm/blob/master/R/bcrm_0.4.7.R）

2. readline 只能在交互模式下工作（参见帮助）：

   在非交互式使用中，结果就像响应是 RETURN 并且值为 ""。

3. 如果我尝试在启用“交互”模式 (R --interactive < your_code.R) 的 (Linux) 命令行中执行您的代码，我必须使用输入重定向来提供 R 代码，因此不能重定向输入本身（并且我猜它会被忽略，因为readline 不是stdin，而是console)。

4. Rscript --interactive -e 'source("your_code.R") 也不起作用（不接受“--interactive”参数）。

因此，可能的解决方案需要更改包的源代码，以提供替代使用 readline 来支持“交互式”答案 e。 G。来自文件或可选参数（请联系作者要求更改）。

由于源代码包含在一个文件中（请参阅https://github.com/cran/bcrm/blob/master/R/bcrm_0.4.7.R），我想您可以在应用一些更改后获取它，例如。 g.

1. 将对readline() 的每次调用替换为my.readline()
2. 通过为每个新调用返回单个字符串“行”来实现函数my.readline()（您可以从字符向量中获取值并记住最后调用值的索引）。

例子：

cur.answer = 0
answers    = c("0", "1", "0")

my.readline <- function() {

  cur.answer <<- cur.answer + 1  # use "global" variable!
  
  if (cur.answer <= length(answers))
    return (answers[cur.answer])
  
  return ("")  # default
}

my.readline()
# [1] "0"
my.readline()
# [1] "1"
my.readline()
# [1] "0"
my.readline()
# [1] ""