【问题标题】:Bonferroni Simultaneous Confidence Intervals of differences in meansBonferroni 均值差异的同时置信区间
【发布时间】:2022-03-04 23:14:14
【问题描述】:

我正在尝试在 R 中获得 Bonferroni 同时置信区间。我有以下数据集,我为练习而编写:

df2 <- read.table(textConnection(
  'group value
  1 25 
  2 36
  3 42
  4 50
  1 27
  2 35
  3 49
  4 57
  1 22
  2 37
  3 45
  4 51'), header = TRUE)

我试过了

aov(formula = value ~ group, data = df2)

但是,这不会同时输出置信区间。使用 SAS,计算结果应为:

【问题讨论】:

    标签: r confidence-interval bonferroni


    【解决方案1】:

    似乎存在一些概念/编码错误。

    1. df$group 需要是一个分类变量,您的 ANOVA 才能工作。目前它是数字。
    2. 您想要执行所谓的 post-hoc analysis 来纠正多组比较的 ANOVA p 值。

    这是一个使用 R 包 DescTools 的示例,基于您提供的示例数据:

    # Step 1: Make sure that group is a factor
    df2$group <- as.factor(df2$group);
    
    # Step 2: Perform ANOVA
    res <- aov(formula = value ~ group, data = df2)
    
    # Step 3: Perform post-hoc analysis
    require(DescTools);
    PostHocTest(res, method = "bonferroni");
    #
    #  Posthoc multiple comparisons of means : Bonferroni
    #    95% family-wise confidence level
    #
    #$group
    #         diff     lwr.ci   upr.ci    pval
    #2-1 11.333333  3.0519444 19.61472 0.00855 **
    #3-1 20.666667 12.3852778 28.94806 0.00014 ***
    #4-1 28.000000 19.7186111 36.28139 1.5e-05 ***
    #3-2  9.333333  1.0519444 17.61472 0.02648 *
    #4-2 16.666667  8.3852778 24.94806 0.00067 ***
    #4-3  7.333333 -0.9480556 15.61472 0.09062 .
    #
    #---
    #Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
    

    报告的组均值和置信区间之间的差异与您提供的 SAS 数字相匹配。

    【讨论】:

    • 对 R 来说相当新。因子基本上意味着分类吗?
    • @RemyM 是的,这基本上是正确的,参见例如here 了解更多详情。
    • 在安装 DescTools 时遇到一些困难。 loadNamespace(j =需要 0.12.10 错误:“DescTools”的包或命名空间加载失败
    • 您可以尝试退出 R,然后从新的 R 终端执行 install.packages("DescTools") 吗?你的 R 版本是多少?
    • 它奏效了,我获得了必要的置信区间。非常感谢您的帮助!
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