【发布时间】:2019-11-26 23:15:54
【问题描述】:
我在实现管道时遇到了一些麻烦,其中第一步是从某个服务器下载数据。据我了解,所有规则都必须具有文件输入。但是,在我的例子中,“输入”是一个 ID 字符串,它提供给访问服务器并下载数据的脚本。
我知道snakemake 中的remote files 选项,但我从(ENA)下载的服务器不在该列表中。此外,我正在使用一个调用 aspera 的脚本来提高下载速度。
关于如何在snakemake中实现这样的场景有什么想法吗?
【问题讨论】: