【问题标题】:Snakemake - rule that downloads dataSnakemake - 下载数据的规则
【发布时间】:2019-11-26 23:15:54
【问题描述】:

我在实现管道时遇到了一些麻烦,其中第一步是从某个服务器下载数据。据我了解,所有规则都必须具有文件输入。但是,在我的例子中,“输入”是一个 ID 字符串,它提供给访问服务器并下载数据的脚本。
我知道snakemake 中的remote files 选项,但我从(ENA)下载的服务器不在该列表中。此外,我正在使用一个调用 aspera 的脚本来提高下载速度。
关于如何在snakemake中实现这样的场景有什么想法吗?

【问题讨论】:

    标签: download snakemake


    【解决方案1】:

    规则实际上不需要输入字段,所以这样的事情是可能的:

    rule download:
        output:
            "downloads/{sample}.fa"
        shell:
            "ascp ftp:/url_here+{wildcards.sample}"
    

    【讨论】:

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