运行多个snakemake规则

【问题标题】：Running multiple snakemake rules运行多个snakemake规则
【发布时间】：2021-02-03 10:11:31
【问题描述】：

我想使用snakemake一个接一个地运行多个规则。但是，当我运行这个脚本时，bam_list 规则出现在 samtools_markdup 规则之前，并给我一个错误，它找不到输入文件，显然还没有生成。如何解决这个问题？

rule all:
    input: 
        expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES)
        "dup/bam_list"

rule samtools_markdup:
    input:
        sortbam ="rg/{sample}.rg.bam"
    output:
        dupbam = "dup/{sample}.dup.bam"
    threads: 5
    shell:
        """
        samtools markdup -@ {threads} {input.sortbam} {output.dupbam}
        """

rule bam_list:
    output:
         outlist = "dup/bam_list"
    shell:
         """
         ls dup/*.bam > {output.outlist}
         """

【问题讨论】：

标签： snakemake bam

【解决方案1】：

Snakemake 遵循指示，你想要dup/bam_list，它可以在没有任何输入的情况下生成。我认为你的意思是：

rule all:
    input: 
        "dup/bam_list"

rule samtools_markdup:
    input:
        sortbam ="rg/{sample}.rg.bam"
    output:
        dupbam = "dup/{sample}.dup.bam"
    threads: 5
    shell:
        """
        samtools markdup -@ {threads} {input.sortbam} {output.dupbam}
        """

rule bam_list:
    input: 
        expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES)
    output:
        outlist = "dup/bam_list"
    shell:
         """
         ls dup/*.bam > {output.outlist}
         """

现在 bam_list 将等待所有 samtools_markdup 作业完成。顺便说一句，我希望 dup_list 的内容与 expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES) 相同，因此如果您稍后在工作流中使用该文件，您可能只使用扩展输出。

【讨论】：