在 Rprofile.site 中使用 .libPaths 更改 R 默认库路径无法正常工作答案

【问题标题】：Change R default library path using .libPaths in Rprofile.site fails to work在 Rprofile.site 中使用 .libPaths 更改 R 默认库路径无法正常工作
【发布时间】：2013-02-16 16:50:43
【问题描述】：

我在 Windows 上运行 R，而不是作为管理员。当我安装一个包时，以下命令不起作用：

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装一个包，我必须指定一个库位置：

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载一个包，我还必须指定库位置：

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这些都可以，但我想看看是否可以以某种方式将C:/software/Rpackages 添加到库路径中，因此不必每次都键入它。

当我在网上搜索时，我发现一种方法是编辑Rprofile.site 文件并添加该行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

但是，在这样做并启动 RStudio 之后，这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library"

我添加到Rprofile.site 的.libPaths 命令似乎没有任何效果！为什么会这样？或者更重要的是，我该如何解决这个问题，以便在不输入库位置的情况下安装和加载包？

注意：如果我启动 RStudio，.libPaths() 命令似乎可以正常工作

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

这不是很奇怪吗？

【问题讨论】：

您能否详细说明install.packages("zoo") 到底是如何不起作用的？错误信息等？
@joran 我在尝试install.packages("zoo") 时添加了错误消息---但这不是我真正的问题，这就是为什么Rprofile.site 中的.libPaths() 不起作用。跨度>
如果你使用 RGui 而不是 R Studio，你是否也有同样的烦恼？
为什么 R 的库路径默认为需要管理员权限的文件夹？！当然用户的主目录会更明智
superuser.com/questions/749283/… 编辑 ~/.Renviron R_LIBS_USER=/some/path

标签： r rstudio r-faq library-path

【解决方案1】：

我通常会尝试将所有包保存在一个库中，但如果您想添加一个库，为什么不将新库（必须已经存在于您的文件系统中）附加到现有库路径中？

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )
 # obviously this would need to be a valid file directory in your OS
 # min just happened to be on a Mac that day

或者（这将使 userLibrary 成为放置新包的第一个位置）：

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到（至少在我最初写这篇文章时）：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"

.libPaths 函数与大多数其他非图形函数有点不同。它通过副作用起作用。报告和更改 R 环境变量的函数 Sys.getenv 和 Sys.setenv 已分开，但 .libPaths 可以报告或更改其目标。

关于R启动过程的信息可以在?Startup帮助页面阅读，RStudio资料在：https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

在您的情况下，RStudio 似乎不尊重 Rprofile.site 设置，或者可能通过从 RStudio 默认值之一读取 .Rprofile 设置来覆盖它们。还应该提到的是，此操作的结果还将调用的内容附加到 .Library 和 .Library.site，这也是为什么 RStudio（或任何其他 IDE 或网络安装）托管的 R 可能表现出不同行为的进一步原因.

由于Sys.getenv()返回的是R进程的当前系统环境，所以可以看到库和其他路径：

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

存储和访问包的两个重要因素是（现在在 Linux 机器上有所不同）：

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

【讨论】：

我需要反转 c() 向量以确保新库进入自定义文件夹
好点。事实上.libPaths-function 默认也有同样的效果。操作系统之间在处理尾部斜杠方面也存在差异。（在 Windows 上不行）。存在其他选项。见?.libPaths
新路径必须实际存在于文件系统中，否则不会添加到库路径中
另一个好点。尽管函数名称另有说明，但您可以先检查file.exists，然后仅在路径不丢失时继续。
我这样做了，它工作，但似乎我每次启动R时都必须更改路径。其他人也一样吗？

【解决方案2】：

由于这里的大多数答案都与 Windows 和 Mac OS 相关，（并且考虑到我也为此苦苦挣扎）我决定在我的 Arch Linux 上发布帮助我解决此问题的过程设置。

第 1 步：

在您的系统中进行全局搜索（例如 ANGRYSearch）以查找术语 Renviron（这是设置用户库设置的配置文件）。
它应该只返回以下目录路径中的两个结果：
1. /etc/R/
2. /usr/lib/R/etc/
  注意： 存储在 1 和 2（上图）的 Renviron 配置文件彼此热链接（这意味着对一个文件所做的更改将自动当正在编辑的文件被保存时[以相同的形式/结构]应用于另一个文件-[您还需要sudo权限来保存文件编辑后])。

第 2 步：

导航到第一个目录路径 (/etc/R/) 并使用您喜欢的文本编辑器打开 Renviron 文件。
在Renviron 文件中搜索R_LIBS_USER 标记并将花括号部分中的文本更新为所需的目录路径。

示例：
... 更改自（原始条目）：
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0'}
... 更改为（您想要的条目）：
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Apps/R/rUserLibs'}

第 3 步：

保存您刚刚编辑的Renviron 文件...完成 !!

【讨论】：

【解决方案3】：

正确的解决方案是将环境变量 R_LIBS_USER 设置为所需库文件夹的文件路径值，而不是让 RStudio 识别 Rprofile.site 文件。

要在 Windows 中设置环境变量 R_LIBS_USER，请转到控制面板（系统属性 -> 高级系统属性 -> 环境变量 -> 用户变量）到所需的值（库文件夹的路径），例如

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages

如果由于某种原因您无法访问控制面板，您可以尝试在 Windows 的命令行中运行 rundll32 sysdm.cpl,EditEnvironmentVariables 并从那里添加环境变量。

设置 R_LIBS_USER 将确保库首先显示在 .libPaths() 中，无论是直接启动 RStudio 还是通过右键单击文件并“打开方式”来启动 RStudio。

如果始终通过单击 RStudio 快捷方式启动 RStudio，则 Rprofile 解决方案可以工作。在这种情况下，setting the default working directory to the directory that houses your Rprofile 就足够了。单击文件启动 RStudio 时，Rprofile 解决方案不起作用，因为这会将工作目录更改为远离默认工作目录。

【讨论】：

绝对是正确的解决方案。唯一的问题是，如果您的用户不是管理员（如果您一开始就遇到此问题，则可能是这种情况），您必须通过控制面板->用户帐户->用户帐户->更改我的环境来更改环境变量变量。
你（碰巧）知道 Linux 命令行中的等价物吗？
当然，只需将这些设置为您的 shell 变量（在 bash 中，您可以编辑 .bash_profile 和/或 .bashrc）。见这里：unix.stackexchange.com/questions/117467/…为当前会话设置这些只在控制台输入export R_LIBS_USER='directory_of_your_choice'
神奇的解决方案！这在 Windows7 的 RStudio 中对我来说非常完美
我没有通过控制面板设置变量，而是修改了Rprofile文件中R_LIB_USER的默认值。这里是解决方案：我想出了一个类似的方法，该解决方案作为这个问题的解决方案呈现在stackoverflow.com/questions/31707941/…

【解决方案4】：

在 Ubuntu 上，更改用户默认库路径的recommended way 是在~/.Renviron 文件中设置R_LIBS_USER 变量。

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

【讨论】：

【解决方案5】：

如果您想永久更改库路径（每次进入 R 时不调用 .libPath()，这对我有用：

在您的主目录下创建 .Rprofile。 (~/.Rprofile)
类型 .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) 在 .Rprofile 文件中，保存。
打开R（任意目录）查看，输入.libPaths()，你会发现你的libaray路径更新了！

【讨论】：

【解决方案6】：

我找到了我认为的解决方案 here（感谢 SFU 的 Carl Schwarz）添加一个个人库，无论使用 R 还是 Rstudio，都可以永久识别（您不必在每个会话中定义它），并且Rstudio 将其视为我 Mac 机器上的默认设置。我没有看到它在 SO 上明确列出了这一点，所以我总结了他们为 Windows 和 Mac 提供的步骤。

对于 Windows 7 操作系统：

在您希望拥有个人库的驱动器上创建一个目录，例如C:\User\Rlibs（或您有权访问的另一个）
在 Windows 搜索栏中搜索/转到“编辑您帐户的环境变量”以编辑控制面板设置
点击“环境变量”窗口中间的“新建...”
在“新建用户变量”窗口中，为“变量名称”键入 R_LIBS，以及您创建的个人库目录的路径，例如C:\User\Rlibs
单击“确定”，您应该会在“用户变量”窗口中看到“变量/值”对
再次点击确定

现在，当您启动 R（或 Rstudio）并键入命令 .libPaths() 时，您应该会看到您创建的个人库以及 R 系统库。

对于 Mac：

在您的“主页”或“用户名”目录中创建一个名为 Rlibs
启动终端应用程序
类型：echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrion 确保大小写匹配。
键入 ls -a 以查看目录中文件的完整列表，现在应该包括 .Renvrion
验证 .Renviron 文件是否已正确设置：more .Renviron

启动 R/Rstudio 并输入 .libPaths()，您应该会看到您的个人图书馆的新路径。

【讨论】：

【解决方案7】：

只需在没有管理员权限的目录中更改 R 库的默认文件夹，例如

.libPaths("C:/R/libs")

【讨论】：

【解决方案8】：

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

用双引号复制上面的链接

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

安装包的默认路径会改变

【讨论】：

【解决方案9】：

https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

编辑 ~/.Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

【讨论】：

【解决方案10】：

我正在研究这个问题，因为 R 在安装到默认位置时遇到问题，而只是将包放入临时文件夹。事实证明这是 Mcaffee Endpoint Security 的最新更新，显然 R 存在问题。您可以在安装软件包时禁用威胁防护，它会正常工作。

【讨论】：

【解决方案11】：

我阅读了自述文件。他们提到在命令行中使用 .libPaths() 来检查存在哪些路径。我之前有 2 个库路径。当我在我想要的地方使用命令 .libpath("C:/Program Files/R/R-3.2.4revised/library") 时，它改变了库路径。当我再次在命令行输入 .libPaths() 时，它显示了正确的路径。希望这会有所帮助

【讨论】：

【解决方案12】：

如果在安装新版本的 R 或通过任何其他方式更改了默认包库，您可以在以下命令的帮助下附加这两个库以使用所有包。获取现有库路径：

.libPaths()

现在，设置现有路径和旧路径：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

希望对你有帮助。

【讨论】：

【解决方案13】：

我真的很难理解这一点。当我上次重新安装我的操作系统和 Rstudio 时，gorkypl 在上面给出了正确的解决方案，但是这一次，设置我的环境变量并没有解决。

卸载 R 和 Rstudio，创建目录 C:\R 和 C:\Rstudio 然后重新安装。

将 R_LIBS_USER 用户变量定义到您喜欢的目录（根据 gorkypl 的回答）并重新启动您的机器以加载用户变量。打开Rstudio，错误应该没有了。

您也可以使用Sys.setenv()将R_LIBS_USER修改为您的备用库的路径，这样更简单，无需重新启动计算机。

查看 R_LIBS_USER 设置为： ?Sys.getenv()

阅读help(Startup)很有用。

【讨论】：

【解决方案14】：

如果您没有管理员权限，打开位于 \R-3.1.0\etc 中的Rprofile.site-文件并添加：

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

这会在启动时直接评估.libPath() 命令

【讨论】：

【解决方案15】：

我设法通过将代码放在默认工作目录的.Rprofile 文件中来解决问题。

首先，我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后我使用文本编辑器编写了一个简单的.Rprofile 文件，其中包含以下行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后，当我启动 R 并运行 .libPaths() 时，我得到了所需的输出：

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

【讨论】：

这对我不起作用（BondedDust 的解决方案也不起作用）。我创建了一个 txt 文件并将其作为 .Rprofile 保存在 getwd() 的文件夹中。
@John 我相信我们说的是同一件事。
R 从您的 HOME 目录而不是您的 CURRENT 目录中读取 .Rprofile。
我想出了一个类似的方法，该解决方案作为这个问题的解决方案呈现在stackoverflow.com/questions/31707941/…
要找到主目录，请在 r 控制台中发出 r 命令Sys.getenv("HOME")。我不确定您是否获得所需的输出。我认为所需的输出是 42 在他的回答 stackoverflow.com/a/15170774/754550 中显示的内容。他使用 .libPaths 的方式略有不同。