在整个目录中使用 Biopython SeqIO.convert答案

【问题标题】：Using Biopython SeqIO.convert over an entire directory在整个目录中使用 Biopython SeqIO.convert
【发布时间】：2015-07-09 08:37:20
【问题描述】：

我有 51 个包含宏基因组序列数据的文件，我想在 Windows 中使用 Biopython 脚本将它们从 fastq 转换为 fasta。模块 SeqIO.convert 可以轻松转换单独指定的文件，但我不知道如何转换整个目录。单独做的文件真的不多，但我正在努力学习。

我是 Biopython 的新手，所以请原谅我的无知。 This convo 很有帮助，但我仍然无法将目录从 fastq 转换为 fasta。

这是我一直在尝试运行的代码：

#modules- 
import sys
import re
import os
import fileinput

from Bio import SeqIO

#define directory
Directory = "FastQ”

#convert files  
def process(filename):
  return SeqIO.convert(filename, "fastq", "files.fa", filename + ".fasta",   "fasta", alphabet= IUPAC.ambiguous_dna)

【问题讨论】：

标签： python biopython fastq

【解决方案1】：

您需要遍历目录中的文件并转换它们，因此假设您的目录是 FastQ 并且您正在从正确的文件夹（即您的目录所在的文件夹，因为您正在使用相对路径），您需要执行以下操作：

def process(directory):
    filelist = os.listdir(directory)
    for f in filelist:
        SeqIO.convert(f, "fastq", f.replace(".fastq",".fasta"), "fasta", alphabet= IUPAC.ambiguous_dna)

然后你会在你的 main 中调用你的脚本：

 my_directory = "FastQ"
 process(my_directory)

我认为应该可以。

【讨论】：