使用 BioPython 时，函数不会遍历整个列表答案

【问题标题】：When Using BioPython, Function Doesn't Iterate Over the Entire List使用 BioPython 时，函数不会遍历整个列表
【发布时间】：2020-02-27 16:18:20
【问题描述】：

我正在尝试使用源自 CSV 文件的搜索词来搜索 PubMed。我将搜索词组合成 Biopython 的 Entrez 模块可以理解的形式，如下所示：

term1 = ['"' + name + " AND " + disease + '"' for name, disease in zip(names, diseases)]

其中“名称”和“疾病”是指我使用 eSearch 组合到搜索中的参数。随后，执行搜索，这是我写的代码：

from Bio import Entrez
Entrez.email = "theofficialvelocifaptor@gmail.com"
for entry in range(0, len(term1)):
 handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=term1[entry], retmax="10")
 record = Entrez.read(handle)
 record["IdList"]
 print("The first 10 are\n{}".format(record["IdList"]))

现在，我对代码的期望是，在存储在 term1 中的整个列表上迭代函数。但是，这是我得到的输出：

['Botanical name', 'Asystasia salicifalia', 'Asystasia salicifalia', 'Asystasia salicifalia', 'Barleria strigosa', 'Justicia procumbens', 'Justicia procumbens', 'Strobilanthes auriculata', 'Thunbergia laurifolia', 'Thunbergia similis']
['Disease', 'Puerperal illness', 'Puerperium', 'Puerperal disorder', 'Tonic', 'Lumbago', 'Itching', 'Malnutrition', 'Detoxificant', 'Tonic']
The first 10 are
['31849133', '31751652', '31359527', '31178344', '31057654', '30725751', '28476677', '27798405', '27174082', '26923540']
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]
The first 10 are
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]
The first 10 are
[]

当然，我缺少一些东西，因为迭代似乎过早地缩短了。在撰写本文时，我已经花了整整 5 个小时，我觉得很傻。我还应该提到我是 Python 新手，所以如果我犯了任何明显的错误，我看不到它。

【问题讨论】：

标签： python web-scraping bioinformatics biopython

【解决方案1】：

您的循环运行良好，最近 9 个术语/疾病组合没有发布结果。

【讨论】：

谢谢。有人重写了整个代码，但它不完整，而且我还面临许多其他问题。如果可以，我会为此打开一个新线程。我请求管理员关闭这个帖子。