绘制单个基因的标准化计数时更改条件顺序答案

【问题标题】：Change order of conditions when plotting normalised counts for single gene绘制单个基因的标准化计数时更改条件顺序
【发布时间】：2019-05-09 23:28:28
【问题描述】：

我有 17 个变量（我的样本）的 df，我想根据单个基因“光系统 II 蛋白 D1 1”绘制条件位置

View(metadata)

sample location
   <chr>  <chr>   
 1 X1344  West    
 2 X1345  West    
 3 X1365  West    
 4 X1366  West    
 5 X1367  West    
 6 X1419  West    
 7 X1420  West    
 8 X1421  West    
 9 X1473  Mid     
10 X1475  Mid     
11 X1528  Mid     
12 X1584  East    
13 X1585  East    
14 X1586  East    
15 X1678  East    
16 X1679  East    
17 X1680  East

View(countdata)

func X1344 X1345 X1365 X1366 X1367 X1419 X1420 X1421 X1473 X1475 X1528 X1584 X1585 X1586 X1678 X1679 X1680

photosystem II protein D1 1 11208   6807    3483    4091    12198   7229    7404    5606    6059    7456    4007    2514    5709    2424    2346    4447    5567

countdata 包含数千个基因，但我只显示标题和感兴趣的基因

ddsMat 是这样创建的：

ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
                                  colData = metadata,
                                  design = ~ location)

绘图时：

library(DeSeq2)
plotCounts(ddsMat, "photosystem II protein D1 1", intgroup=c("location"))

默认情况下，该函数按字母顺序绘制“条件”，例如：East-Mid-West。但我想订购它们，这样我就可以在 West-Mid-East 图表上看到它们。

查看plotCountsIMAGEhere

有没有办法做到这一点？谢谢，

【问题讨论】：

尝试使用一个因子重新调整您的位置向量。
@Jimbou 你能说得更具体点吗？我该怎么做？

标签： r rna-seq

【解决方案1】：

我发现您可以像这样手动更改顺序：

ddsMat$location <- factor(ddsMat$location, levels=c("West", "Mid", "East"))

【讨论】：