给定基因名称，我如何找到两个基因的相似性？ 通过相似性，我认为我的意思是序列的相似性。我是这个领域的新手，并由我的教授完成了这项工作。我不知道很多类型的相似性
希望，这可以用 Biopython 完成吗？
非常感谢。
更新为响应：
谢谢。但我试过了。
我的主要问题是当我从数据库中检索基因序列时，有些结果是基因序列，有些结果是蛋白质序列。我想如果我们想比较它们，我需要确保它们都是基因序列或者它们都是蛋白质序列，对吗？
这是我使用的代码：
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=t ,rettype="gb")
record = handle.read()
然后，对于某些 id，我得到了 agtc 的序列，而其他我得到了类似 mwvllvffll tltylfwpkt 的序列。它们是蛋白质对吗？
我被困在这里，我不知道下一步该怎么做。
【问题讨论】：
标签： python similarity biopython
您应该从阅读Biopython Tutorial 开始，它涵盖了所有基础知识。您的问题非常简单（假设您已经知道如何在 Python 中编程）：读取基因名称或登录 ID，检索序列，对齐序列，然后生成摘要信息（同一性百分比、同源性百分比、缺口分数等）。 ）。所有这些功能都在教程和cookbook 中介绍。 Biopython API documentation 在处理单个类和方法时也非常有用。
祝你好运！
【讨论】：
NP_ 开头的ID 将是蛋白质序列，而NM_ 是DNA。您还可以在代码中进行一些完整性检查，这样如果返回的序列包含氨基酸，而您只想比较 DNA，它就会出错。
如果你真的喜欢这个，你应该学习e-values'scores等的含义。像高分和低e-values对应更好的相似性。
您必须比较相同的类型，但如果您想将核苷酸与蛋白质进行比较，请先将 dna 翻译为蛋白质。
看看 NCBI、ENSEMBL、EBI 网站。它们为您提供几乎所有您需要的工具。
如果您有很多要比较的序列，使用 biopython 是明智之举，但首先要像 MattDMo 所说的那样理解说明书。在互联网上四处看看，看看其他程序员是如何尝试理解他们的代码的。
祝你好运
【讨论】：