R bioconductor mzR 库加载错误答案

【问题标题】：R bioconductor mzR library load errorR bioconductor mzR 库加载错误
【发布时间】：2012-06-30 02:12:01
【问题描述】：

希望有人可以帮助我.. 我正在尝试按照此处的说明安装 mzmatch.R 代谢组学软件包：http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php

我对 R 完全陌生，所以这是我第一次做这种事情。首先，我下载了最新版本的 R 并将其安装在 Mac OSX 10.7 上。这是我运行的 R 版本： R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard 构建 64 位 (6148)

然后我启动 R64.app 并输入以下命令（如上面链接中的说明中指定）来安装包及其所有依赖项。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest"))
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw"))
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")

最后一步总是会失败并显示以下消息：

trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 102 Kb

* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
  call: value[[3L]](cond)
  error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error : package ‘mzR’ could not be loaded
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’
Warning message:
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") :
  installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status

我认为这是因为无法加载库“mzR”，所以我尝试了：

> biocLite("mzR")
> library("mzR")

果然出现了同样的错误：

Loading required package: Rcpp
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
  call: value[[3L]](cond)
  error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’

我现在很迷茫，完全不知道该怎么办。感谢阅读！

【问题讨论】：

尝试“library(xcms)”，然后尝试“source('puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R')”会有帮助吗？
证明sessionInfo() 的输出（隐含地，确保您使用当前的 R）并询问Bioconductor mailing list，抄送包维护者（来自Bioc mzR landing page）可能寻求帮助。

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

假设您正在运行mzR v1.2.1 和Rcpp v0.9.12，您看到的问题是两者之间不幸且意外的不兼容。同时，降级到Rcpp_0.9.10.zip 将解决此问题。希望尽快做出适当的修复。

劳伦特

UDAPE：问题是编译器/链接器错误的结果，需要全新的 mzR 构建，现在可通过 biocLite 获得。

【讨论】：