mzR 包不可用 Bioconductor，试图安装 xcms

Question

尝试在 Ubuntu 10.04 上安装 xcms 时，我一直遇到依赖问题。使用当前的策略，我正在从源代码安装 xcms。

这是跟踪： rob@rob-desktop:~/Desktop$ sudo R CMD INSTALL xcms/ * 安装到库'/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10'

* installing *source* package ‘xcms’ ...
** libs
rm -f massifquant/xcms_massifquant.o massifquant/TrMgr.o massifquant/Tracker.o massifquant/SegProc.o massifquant/DataKeeper.o massifquant/OpOverload.o obiwarp/mat.o obiwarp/vec.o obiwarp/xcms_dynprog.o obiwarp/xcms_lmat.o xcms_obiwarp.o fastMatch.o mzClust_hclust.o mzROI.o util.o xcms.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/xcms_massifquant.cpp -o massifquant/xcms_massifquant.o
massifquant/xcms_massifquant.cpp: In function ‘SEXPREC* massifquant(SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC*)’:
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
massifquant/xcms_massifquant.cpp:120: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/TrMgr.cpp -o massifquant/TrMgr.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/Tracker.cpp -o massifquant/Tracker.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/SegProc.cpp -o massifquant/SegProc.o
massifquant/SegProc.cpp: In member function ‘double SegProc::Rf_pt(double, double, int, int)’:
massifquant/SegProc.cpp:361: warning: deprecated conversion from string constant to ‘char*’
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/DataKeeper.cpp -o massifquant/DataKeeper.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c massifquant/OpOverload.cpp -o massifquant/OpOverload.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/mat.cpp -o obiwarp/mat.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/vec.cpp -o obiwarp/vec.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/xcms_dynprog.cpp -o obiwarp/xcms_dynprog.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c obiwarp/xcms_lmat.cpp -o obiwarp/xcms_lmat.o
g++ -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c xcms_obiwarp.cpp -o xcms_obiwarp.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c fastMatch.c -o fastMatch.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c mzClust_hclust.c -o mzClust_hclust.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c mzROI.c -o mzROI.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c util.c -o util.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include      -fpic  -g -O2 -c xcms.c -o xcms.o
g++ -shared -o xcms.so massifquant/xcms_massifquant.o massifquant/TrMgr.o massifquant/Tracker.o massifquant/SegProc.o massifquant/DataKeeper.o massifquant/OpOverload.o obiwarp/mat.o obiwarp/vec.o obiwarp/xcms_dynprog.o obiwarp/xcms_lmat.o xcms_obiwarp.o fastMatch.o mzClust_hclust.o mzROI.o util.o xcms.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : package 'mzR' required by 'xcms' could not be found
ERROR: lazy loading failed for package ‘xcms’
* removing ‘/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10/xcms’
* restoring previous ‘/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10/xcms’

所以我用谷歌搜索了一段时间，试图弄清楚如何安装 mzR。

我尝试打开 R 并使用：

来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”） biocLite("mzR")

这让我： 使用 R 版本 2.10.1，biocinstall 版本 2.5.11。 安装 Bioconductor 2.5 版软件包： [1] “mzR” 请稍候...

install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, ...) 中的警告： 缺少参数“lib”：使用“/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10” 警告信息： 在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) 中： 包“mzR”不可用

有什么线索吗？

Answer 1

一些快速的：

• Ubuntu 10.04 已有两年半的历史。也许您想考虑升级？

• R 2.10.1 也太旧了。您肯定总是想升级。您可以通过查看任何 CRAN 镜像上的 src/bin/linux/ubuntu/ 来轻松升级它。

• mzR 依赖于我们的 Rcpp 包

• Rcpp，如果你想要最新版本，需要最新的 R。所以如果我是你，我真的会升级 R。

Answer 2

除了 Dirk 的回答，请注意 mzR 需要更新版本的 R 和 Bioconductor； mzR 自 BioC 2.9 (R-2.14) 起可用。一般情况下，建议使用最新的R进行Bioc使用。