R - XCMS 包错误

Question

我有以下问题：

.C("NetCDFOpen", as.character(filename), ncid = integer(1), status = integer(1), 中的错误： C 符号名称“NetCDFOpen”不在包“xcms”的 DLL 中

你是怎么得到这个错误的：

nc     <- xcms:::netCDFOpen(cdfFile)
ncData <- xcms:::netCDFRawData(nc)
xcms:::netCDFClose(nc)

我不知道为什么这不起作用，虽然它应该。如需更多信息，请随时询问。免费的 .cdf 文件可以在 TargetSearchData 包中找到。

代码示例：

## The directory with the NetCDF GC-MS files
cdfpath <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
cdfpath

Answer 1

我不认为它应该，正如你所暗示的那样。首先，您通过::: 使用非导出函数。此外，如错误消息所述，未定义NetCDFOpen 符号是dll/so 文件。

使用xcms 的标准输入功能，运行顺畅：

> library("xcms")
> cdfpath <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
> cdfFile <- dir(cdfpath, full.names=TRUE)[1]
> xs <- xcmsSet(cdfFile)
7235eg04: 135:168 185:314 235:444 285:580 
> xr <- xcmsRaw(cdfFile)

如果你真的想手动输入数据，你应该使用 mzR 包中的功能，xcms 依赖于：

> openMSfile(cdfFile)
Mass Spectrometry file handle.
Filename:  /home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/TargetSearchData/gc-ms-data/7235eg04.cdf 
Number of scans:  4400 

最后，请注意始终提供sessionInfo 的输出，以确保您使用的是最新版本。就我而言：

> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2012-10-23 r61007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] BiocInstaller_1.9.4 xcms_1.35.1         mzR_1.5.1          
[4] Rcpp_0.9.15        

loaded via a namespace (and not attached):
[1] Biobase_2.19.0     BiocGenerics_0.5.1 codetools_0.2-8    parallel_2.16.0   
[5] tools_2.16.0      

如果您使用 R 和 Bioconductor 的稳定版本（目前为 2.15.2/2.11），可能对您来说可能有所不同。

希望这会有所帮助。