如何从 R 中的“A”矩阵中获取元素答案

【问题标题】：How can I get elements from the "A" matrix in R如何从 R 中的“A”矩阵中获取元素
【发布时间】：2021-08-04 05:24:37
【问题描述】：

我想知道是否有任何方法（我确定是）来获取 R中的加法关系矩阵A。我已经有了谱系，并且通过不同的方式成功地获得了 A 矩阵：

通过使用 pedigree 包中的函数 makeA：

library(pedigree)
makeA(pedigree_renum, which = pedigree_renum$ID=="1-2372") #for all the animals
#> [1] TRUE

但我无法从矩阵中获取元素

通过使用 peigreemm 包中的函数 getA。在这种情况下，我得到 2372*2372 A 矩阵：

class(pedigree_general)
#> [1] "pedigree"
attr(,"package")
#> [1] "pedigreemm"
matrizA<-getA(pedigree_general)
class(matrizA)
#> [1] "dsCMatrix"
attr(,"package")
#> [1] "Matrix"

但我不知道如何保存矩阵中的某些元素，例如上对角线元素。

希望你们中的一些人能帮助我解决这个问题！欢迎使用不同的方法来获得相同的结果:)

来自布宜诺斯艾利斯的问候。

【问题讨论】：

标签： r sparse-matrix

【解决方案1】：

来自 Pedigree 在 makeA 上的文档：

为谱系的一部分制作 A 矩阵并将其存储在名为 A.txt
的文件中

如果我没记错的话，您错过的是您正在搜索的矩阵应该从文件A.txt 加载，该文件是命令的输出文件。示例：

id <- 1:6
dam <- c(0,0,1,1,4,4)
sire <- c(0,0,2,2,3,5)
ped <- data.frame(id,dam,sire)
makeA(ped,which = c(rep(FALSE,4),rep(TRUE,2)))
A <- read.table("A.txt")

打印A后，这里是矩阵：

如果我遗漏了什么，请告诉我。

【讨论】：

我会试一试，让你知道它是否有效。谢谢！！
你是绝对正确的，所以通过阅读这篇文章，我意识到我的错误是逻辑向量表明我请求 A 矩阵的哪些动物：which = pedigree_renum$ID=="1-2372" how我可以要求 R 考虑所有的动物吗？
看这个：运行代码后它显示 > id dam Sire ped A print(A) [1] 是的，我不知道出了什么问题。我无法获得您展示的矩阵，而这正是我的 2372 只动物所需要的！
您不应该将makeA 的返回值分配给变量A。它是从文件A.txt 中获取的，因此A <- read.table("A.txt")（其中A.txt 由makeA 创建）是使矩阵被读入R 的原因。更清楚地说，makeA 不会返回矩阵，而是将其保存在文件 A.txt 中，因此需要在makeA 命令之后读取。
非常感谢。我了解了 makeA 的工作原理，现在我有了我的 A 矩阵！