如何在 igraph 中绘制 Motifs？

【问题标题】：How to plot Motifs in igraph?如何在 igraph 中绘制 Motifs？
【发布时间】：2016-08-26 09:15:43
【问题描述】：

我使用 igraph 包来获取蛋白质-蛋白质相互作用网络中的图案，它有一个矢量输出，但我需要绘制或绘制图案，图案的图形。

R 中的代码：

 motifs(graph_object, size = 3)

输出：

1NA NA 5 3

如何获得 R 和 igraph 中的图案图？这里有四个主题？

注意：这个问题不同于How to mine for motifs in R with iGraph

【问题讨论】：

How to mine for motifs in R with iGraph的可能重复
不，我的问题不同。
三个节点上的四个主题分别是空图、一条边、一个 2 星和一个三角形。前两个基序没有完全连接，因此返回的计数是 NA。您是在问如何使用节点标签绘制 2 星和三角形？
是的，我想将第二个图案作为情节。

标签： r graph igraph ppi

【解决方案1】：

将您要搜索的主题构造为“模板图”（例如，创建一个三角形图），然后使用 subgraph_isomorphisms 从模板图的顶点到您的顶点的所有映射蛋白质-蛋白质相互作用网络，induced_subgraph 结合lapply 将映射列表转换为实际的基序。示例：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifs 将是一个图表列表，您可以使用plot() 将它们一一绘制。

【讨论】：

谢谢。这就是我需要的东西。