带集群的snakemake，如何使命令行更短答案

【问题标题】：snakemake with cluster, how to make to command line shorter带集群的snakemake，如何使命令行更短
【发布时间】：2020-05-17 21:44:34
【问题描述】：

我开始阅读有关蛇形的东西。我想将它与集群一起使用。

我想把所有/大部分的snakemake命令发送的参数放在Snakemake文件中，并使命令行更短。而不是运行：

snakemake -j 2  --cluster ...

我只想跑：

snakemake

我希望将集群的参数保存在文件中。我创建文件config.yaml，放上去：

cluster: bsub
jobs: 5

__default__ :
        job-name      : "{rule}"
        output        : "logs/{rule}/{wildcards}.out"
        ntasks        : 1
        cpus-per-task : 1
        mem           : "200M"
        time          : "00-00:05:00"
        queue         : "myqueue1"
        account       : "my_account"
        partition     : "my_partition"

# Override the above defaults, with job specific values
a :
        cpus-per-task : 16
        queue         : "myqueue2"
        mem           : "10000M"
        time          : "00-01:00:00"

当我跑步时：

snakemake -j 1 --profile aa

我明白了：

用法：snakemake [-h] [--dry-run] [--profile PROFILE]
[--cache [RULE [RULE ...]]] [--snakefile 文件] [--cores [N]]
[--local-cores N] [--resources [NAME=INT [NAME=INT ...]]] ...
[目标[目标...]]snakemake：错误：模棱两可选项：--a={'cpus-per-task': 16, 'queue': 'myqueue2', 'mem':
'10000M', 'time': '00-01:00:00'} 可以匹配 --archive,
--allow-ambiguity, --allowed-rules, --attempt

我还可以在哪里找到带有集群的蛇形制作的完整示例？

谢谢。

【问题讨论】：

标签： snakemake lsf

【解决方案1】：

我猜你可以在你的 bash 配置文件中添加一个蛇形的别名，比如：

alias snakemake='snakemake -j 2  --cluster ...'

也许更好地调用别名与 snakemake 不同的东西，比如 my_snakemake。

但在我看来，这不是一个好主意，因为有人，甚至你自己，后来阅读代码时并不知道 my_snakemake 究竟做了什么。

【讨论】：

有没有办法把所有的集群定义放到Snakemake文件中？