BWA 找不到本地索引文件

Question

我目前正在尝试将 .fasta 文件导入 bwa，以使用参考基因​​组将我的读取映射到。但是，我目前收到此错误：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files

有什么帮助吗？这是我的代码：

#!/bin/bash

source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load pear/0.9.10
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13   
module load bwa/0.7.12
module load samtools/1.2
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load trimmomatic/0.35

r=20
####mapping
#Indexing reference library for BWA mapping:
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref

bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam

#sort and convert to bam
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted

#counts and stats
samtools index sample${r}_sorted.bam
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt

Answer 1

bwa index 的用法是

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>

您的用法与此不符；很遗憾bwa 默默地接受了这一点，而不是立即抛出错误。令人讨厌的是，也根本没有办法为索引指定路径前缀。你被引用的位置困住了。

无论如何，索引文件名都来自 FASTA 参考文件。因此，您需要在后续命令中调整索引文件名：

bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam