BWA 无法定位索引基因组答案

【问题标题】：BWA fails to locate index genomeBWA 无法定位索引基因组
【发布时间】：2018-10-22 21:45:48
【问题描述】：

我知道以前有人问过这个问题。我已经搜索了这些线程，但对我来说没有任何意义。诚然，我是生物信息学的新手，所以对于有更多经验的人来说，答案可能很清楚。

我正在尝试使用 BWA 将读数与参考基因组对齐并保留丢弃的读数，因为我正在寻找可能感染宿主的潜在病原体 DNA（实际上是 RNA）。

我认为，我已经创建了参考基因组的索引。我有以下文件：

_genome.fa

_genome.fa.amb

_genome.fa.ann

_genome.fa.bwt

_genome.fa.pac

_genome.fa.sa

我想将双端读取与该索引对齐并保留丢弃。该代码是：

module load swset/2018.05

module load gcc/7.3.0

module load bwa

bwa mem ~/correctpath/_genome.fa correctfilename_R1_001.fastq correctfilename_R2_001.fastq -a > sample_bwa.sam

我继续收到错误：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files

我 99.% 确定我的文件路径正确。我可能加载了错误的 BWA 版本。我可能错误地创建了索引。或者我的 bwa mem 代码中可能存在明显错误。

我再次尝试阅读其他类似的帖子，但对我来说没有任何意义。这可能是我的错。

有人可以帮忙吗？

谢谢！

【问题讨论】：

您确定 fasta 文件和索引文件在 ~/correctpath/ 中并且具有您使用的名称吗？它们都可以在读取模式下访问吗？您使用哪个命令来索引基因组？最后，您确定您确实使用了相同版本的 bwa？
您的命令似乎没问题。如果你只有 99% 确定你得到了正确的路径，请检查它，因为这是你遇到麻烦的地方。尝试ls ~/correctpath/_genome.fa* 并检查您告诉我们的所有文件是否都已列出。
感谢您的提示！我将四重检查路径（这不是我第一次遇到一些愚蠢的错字，直到我第 1000 次查看它时才注意到）。我还将检查 bwa 版本。我们的机构刚刚切换到一个新的计算集群，所以我可能确实使用了不同的版本。对于索引，我只使用了bwa index _genome.fa 很高兴知道代码看起来正确，这使我的故障排除策略更简单一些。再次感谢！

【解决方案1】：

回复很晚，但您似乎缺少 _genome.fai 文件。 fasta.fai 是 fasta 索引，是映射读取所必需的。这里有更多信息。

我建议（如果您没有或没有！）运行以下 samtools 命令：

samtools faidx path/to/_genome.fa

我遇到了类似的问题，这似乎解决了它。

【讨论】：