从 3D 数据创建各向同性体积答案

【问题标题】：Create Isotropic volume from 3D data从 3D 数据创建各向同性体积
【发布时间】：2016-01-30 07:42:30
【问题描述】：

我正在使用尺寸为 512*512*304 的 CTA 卷。如何将体积转换为轴向尺寸为 256*256 的各向同性形式。我已经通过 Converting non-isotropic to isotropic voxel 但它对我没有帮助。

我不确定如何继续，但我仍然从 dicom 读取了必要的参数（上述问题可能需要），包括 slices 之间的间距 = 0.45 且 x 和 y 的像素间距均为 0.4。

我想问的另一个问题是关于转换为世界坐标的问题。当我使用原始体积（512*512*304）时，提取的管在形状上与参考数据相同，但在坐标位置方面，它显示出显着差异。我的同事问我参考数据在世界坐标中。

非常感谢；

【问题讨论】：

您的问题我不清楚：“各向同性形式”是什么意思？我建议您在问题中添加一些相关标签，因为仅 MATLAB 的知识不足以解决您的问题。另外，每个问题只留下一个问题。
MATLAB 中的数组元素可以映射到您喜欢的任何物理世界体积元素。你到底需要做什么？
Andras，实际上我正在关注link.springer.com/article/10.1007/s10554-011-9894-2/… 的论文。在预处理中，他们写道，为了计算效率，他们对给定的 512*512*304 体积进行插值和下采样，以获得轴向图像大小等于的各向同性体积256*256 像素..
亲爱的 Carl，我正在提取动脉中心线。基于原始体积我获得了包含代表真实动脉的相应位置的中心线；然而，当我将它与鹿特丹冠状动脉挑战组织者提供的参考中心线进行比较时，形状相同，这意味着我已经提取了真正的动脉，但参考中心线的坐标点要小得多/按比例缩小。我联系了组织者，他们回复我说参考是在世界坐标中给出的……这让我很困惑。

标签： matlab

【解决方案1】：

听起来您正在尝试将坐标网格重新定义为具有各向同性（即立方体，即相等的高度、宽度、长度）体素的坐标网格。

也许这样的事情会做到：（我以matlabs示例mri数据为例）

load mri D
D=double(squeeze(D));       % Remove singleton dimension and convert from int to double
szD_a=size(D);              % calculate size of original image stack
vox_a = [.4,.4,.45];         % define original voxel size
vox_b = [.25,.25,.25];       % set target voxel size
szD_b=ceil((szD_a-1).*vox_a./vox_b)+1; % calculate size of target image stack
                                       % plus and minus 1 account for 
                                       % pixel (1,1,1) being at coordinate [0,0,0]
% Get x,y,z coordinates of each voxel in original image stack
[Xa,Ya,Za]=meshgrid(...
    [0:szD_a(1)-1]*vox_a(1),...
    [0:szD_a(2)-1]*vox_a(2),...
    [0:szD_a(3)-1]*vox_a(3));

% Define x,y,z coordinates of each voxel in target image stack
[Xb,Yb,Zb]=meshgrid(...
    [0:szD_b(1)-1]*vox_b(1),...
    [0:szD_b(2)-1]*vox_b(2),...
    [0:szD_b(3)-1]*vox_b(3));

% interpolate imagestack from original to target coordinates
D_target=interp3(Xa,Ya,Za,double(D),Xb,Yb,Zb);
figure
subplot(1,2,1)
imagesc(D(:,:,1))
subplot(1,2,2)
imagesc(D_target(:,:,1))

【讨论】：