命令中的 SLURM 作业数组输出文件

Question

我有一个这样的命令列表

bedtools intersect -a BED1 -b BED2 >BED1_BED2_overlaps.txt
...

包含 100 多个文件。

这是我的工作提交的标题

#SBATCH -t 0-08:00
#SBATCH --job-name=JACCARD_DNase
#SBATCH -o /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_out
#SBATCH -e /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_err
#SBATCH --array=1-406%50

提交作业时出现此错误

Error: Unable to open file >BED1_BED2_overlaps.txt Exiting.

我试图通过管道发送这样的 echo 命令

bedtools intersect -a BED1 -b  BED2 | echo "BED1 BED2" 

我得到了

Error: Unable to open file |. Exiting.

那是什么？如何使用 Bash 语法（如 > 输出和 | 管道）提交数组作业？

Answer 1

您似乎缺少 shebang ；您的提交脚本应以

开头

#! /bin/bash

或您喜欢的任何其他外壳。