我想使用带有 Slurm 的作业数组来要求 Prokka 处理我的 GCA fasta 文件以生成输出文件答案

【问题标题】：I want to use a job array with Slurm to ask Prokka to process my GCA fasta files to generate output files我想使用带有 Slurm 的作业数组来要求 Prokka 处理我的 GCA fasta 文件以生成输出文件
【发布时间】：2022-10-18 15:48:46
【问题描述】：

似乎有一个问题 - 尽管 prokka 为每个正在处理的 fasta 文件创建一个日志，但它似乎在中途停止，最终只为一个 fasta 文件生成所有必要的输出文件。

#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks 1
#SBATCH --time 60:0
#SBATCH --qos castles
#SBATCH --array=1-9
#SBATCH --output=Array_test.%A_%a.out
#SBATCH --error=Array_test.%A_%a.error
#SBATCH --account moradigd-microbial-genomics


module purge; module load bluebear
module load prokka/1.14.5-gompi-2019b


file=$(ls *.fasta | sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p)
myscript -in $file

prokka --force --species "Campylobacter Jejuni" --outdir prokka-output $file

【问题讨论】：

标签： arrays file slurm fasta

【解决方案1】：

不知道prokka 的确切工作原理，以下只是推测，但看起来所有作业都写入同一个prokka-output 目录会遇到问题，只有最后一个作业写入其输出才能成功。

您可以尝试在阵列中为每个作业创建一个目录

prokka --force --species "Campylobacter Jejuni" --outdir prokka-output-$file $file

或者

prokka --force --species "Campylobacter Jejuni" --outdir prokka-output-$SLURM_ARRAY_TASK_ID $file

【讨论】：