R - 使用 ggplot2 在森林图中的多个数据点

Question

示例数据：

df <- data.frame(Mean1=c(12,15,17,14,16,18,16,14),Lower1=c(8,11,13,7,15,12,12,11),Upper1=c(16,18,21,21,17,24,20,17),Mean2=c(13,16,18,15,17,19,17,15),Lower2=c(9,12,14,8,16,13,13,12),Upper2=c(17,19,22,22,18,25,21,18))
rownames(df) <- c(1,2,3,4,5,6,7,8)

我可以用Mean1 Lower1 和Upper1 从df 生成森林图：

ggplot(df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean1)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper1, xmin = df$Lower1))

所以我的问题是：如何将 df 中的 Mean2 Lower2 和 Upper2 包含到绘图中，以便每个观察点（行）的两个均值与各自的误差条成对表示？所以输出将是一个类似的森林图，但每个观察点的均值和误差限制都成对显示。我希望这是有道理的。

我什么都没试过，因为我根本不知道从哪里开始。

我可以在不破坏数据框结构的情况下执行此操作吗？

Answer 1

最自然的方法是使用position 参数，但它需要与变量分组的值，而不是列名。您可以就地添加它：

ggplot(df,aes(x= rep(rownames(df), 2),
       y= c(Mean1,Mean2),
       group=rep(c(1,2), each=nrow(df)))) +
geom_point(position=position_dodge(1))+coord_flip()

但更正确的做法是打乱数据框的结构，这样会让代码更干净：

ggplot(df, aes(x = rownames, 
           y = Mean, 
           group=groups)) +
geom_point(size = 4, position=position_dodge(1))+
geom_errorbar(aes(ymax = Upper, ymin = Lower), position=position_dodge(1))+
coord_flip()

对于这个例子，我做了这个 data.frame 转换：

df <- data.frame(Mean=c(df$Mean1,df$Mean2),
                 Lower=c(df$Lower1,df$Lower2),
                 Upper=c(df$Upper1,df$Upper2),
                 groups=factor(rep(c(1,2), each=nrow(df))),
                 rownames=as.character(rep(rownames(df), 2)))

Answer 2

我不知道如何在不破坏数据框结构的情况下做到这一点，但由于您的数据框不是整齐的数据，我建议无论如何都要更改它。然后我得到以下内容可能会回答您的问题：

library(tidyr)
df$itemid <- rownames(df)
df <- gather(df, type, value, -itemid)
df <- separate(df, type, into=c("type", "grpid"), sep=-2)
df <- spread(df, type, value)

在单独的步骤中完成，因此更容易逐步执行以查看正在发生的事情。然后你可以使用：

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = paste(itemid, grpid), x = df$Mean, color = grpid)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper, xmin = df$Lower))

Answer 3

我不确定你的意思，但你想在森林图的顶部绘制 Mean2 值吗？在这种情况下，您可以为第一个绘图分配一个值，比如说 s1，然后像这样将新数据添加到它（可能添加差异颜色）：

s1<-ggplot(df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean1)) +
     geom_point(size = 4) +
     geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper1, xmin = df$Lower1))

s1 + geom_point(data=df, aes(y = row.names(df), x = df$Mean2)) + 
  geom_errorbarh(aes(xmax = df$Upper2, xmin = df$Lower2))

否则，您可以重组数据，然后添加 facet_grid(. ~ Sample) 为您的样本制作单独的图表（Mean1 和 Mean2）