马尔可夫聚类答案

【问题标题】：Markov Clustering马尔可夫聚类
【发布时间】：2013-07-22 17:48:43
【问题描述】：

我有两个问题要准确。首先，我想知道是否有一种简单的方法可以调整马尔可夫聚类算法，以便我可以提前指定最后我想要多少个聚类。如果没有，您会推荐哪种类似的算法？

其次应该如何处理马尔可夫世界中的重叠集群？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

1)。没有简单的方法来调整 MCL 算法（注意：它的名称是 'Markov cluster algorithm' 没有 'ing'。许多人将其表述为 'doing Markov clustering'，这很好）输出指定数量的集群.在我看来，在 99.99% 的时间里，这是一个非常理想的功能。如果我按照您的意愿进行操作，我会生成 4 或 5 个不同粒度级别的聚类（例如将 MCL 膨胀参数设置为 1.4、2.0、3.0、4.0 和 6.0，但值得多做一些根据簇大小的分布进行选择），然后将它们统一在一个层次聚类中（程序'clm close'可以做到这一点）。之后，可以遍历树并尝试找到所需大小的最佳聚类。这显然需要付出巨大的努力。我过去做过类似但不完全相同的事情。

2)。 MCL 产生的重叠聚类极为罕见，并且始终是输入图中对称性的结果。大多数人使用的标准 MCL 实现（来自http://micans.org/mcl/）将消除重叠。我认为这不是问题。免责声明：我撰写了 MCL。

【讨论】：

嗯，这实际上是个好主意。使用不同的通货膨胀值是一种尝试和错误，但可行。谢谢。
当前开发的 mcl 有一个新选项，其中指定了输入聚类：它将在该聚类上构建一个子图（通过删除聚类间边）并继续聚类。可以想象，这很有用。另一点：您是否尝试过允许指定集群数量的方法，例如通过谱方法（我相信 hmetis 就是这样一种方法）或谱聚类进行图划分？（而且肯定还有很多其他这样的方法）。
@micans，我是 MCL 的新手，刚刚浏览了这些幻灯片：cs.ucsb.edu/~xyan/classes/CS595D-2009winter/…，其中提到了控制扩展操作的 power parameter e。我在 MCL 官方手册中没有看到这个参数：micans.org/mcl/man/mcl.html#options。它是否隐式设置在某个地方，如果没有，是否有为其选择值的指南？
@MLister 该参数用于马尔可夫聚类过程的抽象表述，但在实践中它总是设置为 2（意味着计算 2 步随机游走）。取其他（更高的）值在计算上非常昂贵且几乎没有用处。较高的值会降低集群粒度，但这种粒度也可以通过降低通货膨胀来降低。