聚类 - 绘制最大的 n 个聚类

Question

我正在使用 HOPACH 聚类 - 有没有办法只可视化最大的 n 个聚类（例如，只绘制 3 个最大的聚类）？当前代码可视化所有集群。

library(cluster)
library(hopach) 

distance =distancematrix(DNA[1:30],"cosangle")
hobpach.DNA =hopach(DNA[1:30],dmat=distance)

labels = c(hobpach.DNA$clustering$labels) 

table(labels, DNA$class)

#Plots all clusters

clusplot(DNA[1:30], hobpach.DNA$clustering$labels, main='Cluster Vis',
     color=TRUE, shade=TRUE,
     labels=2, lines=0)

Answer 1

clusplot 中没有类似的内容。但是您可以轻松找出哪些集群最大，然后只将它们提供给clusplot 函数。

# find the indicees of the largest clusters
biggest_indicees <- labels %in% names(sort(table(labels), decreasing = TRUE)[1:3])

# plot three largest clusters
clusplot(df[biggest_indicees, ], labels[biggest_indicees], main = 'Cluster Vis',
         color = TRUE, shade = TRUE, labels = 2, lines = 0)