如何将新数据点投影到现有坐标系答案

【问题标题】：How to project a new data point to an existing coordinate system如何将新数据点投影到现有坐标系
【发布时间】：2019-02-06 23:28:15
【问题描述】：

我有一个多组学数据列表，其中包含三个行中的基因/蛋白质/细胞矩阵，以及列中的个人样本。这三个矩阵共享相同的样本。我使用多重 CO-惯性分析将每个样本投影到 CIA 空间（每个样本由基于转录组、蛋白质组和细胞数据的三个点表示）。现在，我的原始维度结构中有一个新点，我想将它投影到 CIA 坐标系。

我如何获得它的新 CIA 坐标？

为了重现性，我以 NCI60 数据为例。

library(omicade4)
data(NCI60_4arrays)

NCI60_4arrays.sub <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,1: 
(ncol(m)-1)])})

mcoin <- mcia(NCI60_4arrays.sub, cia.nf=4)

用于提取 CIA 空间中的样本坐标：

sample.cia.coordinates <- mcoin$mcoa$Tli

如何投影新数据点并获取其 CIA 坐标？

一个新的数据点例如：

new.point <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,ncol(m)])})

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

当您想了解分析背后的计算时，一个选择是创建一个小体积的样本分析，例如：

sample <- lapply(NCI60_4arrays[1:2], function(m) { return(m[1:7,1:5])})
sample_mcoa <- mcia(sample, cia.nf = 2)

然后试着了解你是如何通过的：

2 矩阵 7x5

到：

1 个矩阵 10x2

它可能是几个矩阵产生的，一个带有sample_mcoa$mcoa$axis。不知道对你有没有帮助。

【讨论】：