【问题标题】:H2O XGBoost on Windows: Error: java.lang.UnsatisfiedLinkError: ml.dmlc.xgboost4j.java.XGBoostJNI.XGDMatrixCreateFromCSREx([J[I[FI[J)IWindows 上的 H2O XGBoost:错误:java.lang.UnsatisfiedLinkError:ml.dmlc.xgboost4j.java.XGBoostJNI.XGDMatrixCreateFromCSREx([J[I[FI[J)I
【发布时间】:2017-11-11 00:21:43
【问题描述】:

当我尝试使用 H2O 3.12.01 在 Windows 7 和 Windows Server 2008R2 上通过 h2o.xgboost() 在 R 中运行 XGboost 时,我收到以下错误:

错误:java.lang.UnsatisfiedLinkError: ml.dmlc.xgboost4j.java.XGBoostJNI.XGDMatrixCreateFromCSREx([J[I[FI[J)I

这是一个可重现的例子:

library(h2o)
h2o.init(nthreads = -1)
h2o.no_progress() # Don't show progress bars in RMarkdown output

# Import a sample binary outcome train/test set into H2O
train <- h2o.importFile("https://s3.amazonaws.com/erin-data/higgs/higgs_train_10k.csv")
test <- h2o.importFile("https://s3.amazonaws.com/erin-data/higgs/higgs_test_5k.csv")

# Identify predictors and response
y <- "response"
x <- setdiff(names(train), y)

# For binary classification, response should be a factor
train[,y] <- as.factor(train[,y])
test[,y] <- as.factor(test[,y])

# Number of CV folds (to generate level-one data for stacking)
nfolds <- 5

# Train & Cross-validate a (shallow) XGB-GBM
my_xgb1 <- h2o.xgboost(x = x,
                       y = y,
                       training_frame = train,
                       distribution = "bernoulli",
                       ntrees = 50,
                       max_depth = 3,
                       min_rows = 2,
                       learn_rate = 0.2,
                       nfolds = nfolds,
                       fold_assignment = "Modulo",
                       keep_cross_validation_predictions = TRUE,
                       seed = 1)
R version 3.4.0 Patched (2017-05-19 r72713)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows Server 2008 R2 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] h2o_3.12.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.0 tools_3.4.0    RCurl_1.95-4.8 jsonlite_1.5   bitops_1.0-6

3.12.01是h2o.ai主页链接的最新开发版本,在3.10没找到这个功能后升级到了。但是,@MarcoSandri 的评论表明他们的 Amazon AWS 上有更新的开发版本 (3.13),因此下载了它并相应地升级了集群和 R 包。

从 3.12 升级到 3.13 似乎进展顺利,直到我尝试使用 h2o.xgboost() 函数。然后它抛出了一个不同的错误:

Error in .h2o.doSafeREST(h2oRestApiVersion = h2oRestApiVersion, urlSuffix = page,  : 
ERROR MESSAGE:

-1

Error in fetch(key) : 
  lazy-load database 'E:/Program Files/R/R-3.4.0patched/library/h2o/help/h2o.rdb' is corrupt

【问题讨论】:

  • 请发帖sessionInfo()java -version。尝试在此处安装最新的 h2o 版本:h2o-release.s3.amazonaws.com/h2o/master/3943/…(里面有一个 R 包)
  • @MarcoSandri 当然,这是 3.12.01 版。他们的网站说这是最新的前沿开发版本,但我从你的链接中看到他们已经在开发 3.13,尽管官方版本仍然只有 3.9。我会继续尝试,谢谢。
  • @MarcoSandri 我已将集群和 R 包升级到 3.13,但现在它抛出了另一个错误。我会更新我的问题。
  • 我明白了。我要求您更新软件包只是因为h2o.xgboost 在我的 Windows 7 PC 上生成了一个不同的错误。我可以看到现在我们有同样的错误。我正在努力寻找解决问题的方法。如果我发现一些有趣的事情,我会联系你。
  • 截至 2017 年 7 月 1 日,H2O 中的 xgboost 尚不支持原生 Windows(因此预览版 3.12.0.1 和稳定版 3.10.5.3)。

标签: r windows xgboost h2o


【解决方案1】:

H2O-3 XGBoost 不支持 Windows。作为参考,这里是 H2O-3 XGBoost 支持的操作系统列表:

http://docs.h2o.ai/h2o/latest-stable/h2o-docs/data-science/xgboost.html#limitations

【讨论】:

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